秘石で星あげする優先度

オススメは多分満場一致で

①ネネカをまず★５にしましょう
②クリスに専用装備　水着スズナに専用装備
③クリスは耐久が低いため５を目指しましょう　こんな感じですかね

ネネカは序盤高火力の要もっとも優先度が高いです
次に専用武器で劇的に強くなるクリス　スズナに専用つけます
って感じです　オススメ

2000個ならネネカ一人を星5にして終わりだね

まず第一前提として、秘石は割と貴重なもの(課金勢にはそうでもないかもしれませんが)なので限定キャラに重点的に使うことをおすすめします。
画像見たらクリスに既に専用付いてるようなので、個人的には星上げ優先度はネネカ＞クリス＞プリペコ＞水ナ＞ムイミ＞イオ＞マコト＞他
イオとマコトを上げたのはピースの入手手段をクランコインのみと考えると育成に相当時間がかかるからです。
他は星は上げたほうがいいもののピースの入手が比較的容易なので秘石を使う優先度は低いと判断しました。
因みにプリコロとマジカスは星は上げないほうがいいです。

他の皆さんの言われる通り、基本的にはメモリピースの入手先が事実上、秘石のみのキャラが優先です。フェスキャラ、限定キャラですね。

上記の優先キャラ内での優先順位については他の方におまかせするとして、マコトの扱いです。戦況によっては、星5までは無理でも、星4ぐらいにはしておいた方がいいこともあります。
星3の状態だと耐久力が低く、クエストのボス敵相手に参加させられないこともあります。ボス敵にデバフを入れておきたいのに、肝心のマコトが真っ先に退場というのは、私は何度も経験しています。

この辺り、クエストでの問題点、不足している戦力との兼ね合いになり、フェスキャラ、限定キャラ優先が必ずしも最適ではないこともあると思います。
星上げを急くのではなく、問題点を洗い出し、少しずつ埋める形にしておくのが無難ではないでしょうか。

ご存知の通り、☆3→☆5て1150個秘石がなくなります。(全て秘石で賄うと)
2000個は多いように見えて大した数ではないので、慎重に使いましょう。
自分ならネネカの星を上げて残りは、
2.5周年や水着マホ・マコトの専用装備が追加された時の為に温存しておきます。
自身の課金の有無やプレイスタイルを鑑みて決めるといいと思いますよ。