まず何から進めたら良いですか？

最初はメインクエストを進めるのが良いです。

1)メインクエストをなるべく進めて、各キャラを育てる
→キャラを育てるというよりは、各種コンテンツが解放されていく為、可能な限り進めた方が良いです。
※特に抵抗やプレイスタイルに支障が無ければカンストプレイヤーとフレンド（無差別申請）になって、カンストキャラを借りてソロでクエストに挑み無双する手もあります。
（ステージ21位までなら上記の方法で行けます）

2)探索、調査、ダンジョン、アリーナは出来るようになったら日々進める
→育成に必要なアイテム等が手に入るので、出来るようになったら随時進めましょう。

3)クラバトがよく分かってないですが適当なチームに入ってこなす。ルナの塔も適宜開催されたらこなす。
→クランに参加する事で色々恩恵が受けられます。
募集しているクランはあるかと思いますので、どこかしらには入りましょう。
→ルナの塔も登れる範囲で良いので登った方が良いです。

4)サイドストーリー、復刻はジュエル必要なときに掘る感じでしょうか。
→サイドストーリーは基本的にはジュエルが必要な時で良いと思いますが、一部キャラが手に入るイベントもあるので迎えに行くのも良いかも知れません。
→復刻はメモリーピースを大量に獲得出来るので、可能な範囲でやった方が良いです。

5)いまリセマラやってて思ったのですが、2/28のプリキャル後の方が良かったですかね(汗。。。
→プリキャルの性能が分からないので何とも言えませんが
現状実装させれているフェス限キャラも強いので、リセマラの結果に満足出来るのであればそのまま始めてしまっても良いと思います。

長文になりました。