コッコロ　OR　モニカ

モニカとコッコロは適正な場所が違うんですよね。
モニカは20秒の短期決戦、コッコロはバフスキルをループするので長期決戦って感じです。ですが、☆3であれば今は専用装備をつけてモニカを使うのをオススメします。
コッコロはスキル1で1番前に移動するので被弾します。また、モニカではなくコッコロを使用する場面では、モニカでは耐えられない攻撃が中衛に来ている時なので☆4以降の運用が基本になると思います。
なので、☆3モニカ→専用☆3モニカ→専用☆3モニカと☆4コッコロの使い分けの順に移行すると良いですよ。どちらにせよコッコロの☆6がとても優秀なのでコッコロのピースは集める事になると思いますので損はないかと。

もう他の方が回答していますが、その2人は(役割としてはほぼ同じなので)使い分ける形になります。
ちなみにどちらも魔法・物理両方のバフを持っているので、どのパーティーにも入れられます。

◇モニカ
・行動速度大UP＆物・魔攻UP
・バフは一度だけ発動。
※クエストならwaveが変わる毎に発動。

バフは開幕一度だけ発動するため、主に短期戦で使われす。
上記の理由とスタン(スキル)・範囲攻撃(UB)を持っていることから、アリーナが主な活躍の場です。
(クエストやイベントの格下相手にも活躍！)
専用装備を付けることによってバフの効果量が単純にUPするので、さらにパーティーの火力上昇(=防衛突破)を狙えます。


◇コッコロ
・行動速度小UP＆物攻UP
・バフは掛け直せるため、ほぼ永続
・UBは物・魔攻UP＆自分のHP回復
※☆6にすることで単純強化＋TP上昇UP・味方HP回復が追加され、さらに支援性能UP。

コッコロはモニカよりも控えめな小UPですが掛け直しが可能なため、主に長期戦で使われます。
UBのおかげで生き残りやすく、味方支援に長けているため、クエストが主な活躍の場です。
(☆6にすることでイベントの格上ボスや、クランバトルでも活躍！)
専用装備は自身のTP上昇・物攻UPが追加されるため、優秀なUBを素早く発動することが可能になります。


▼ザックリとしたまとめ
モニカはアリーナ等の＂短期戦＂で＂格下相手＂
コッコロはクエスト等の＂長期戦＂で＂格上相手＂


P.S.
まだまだ先の話ですが…コッコロは☆6にすることで別格の支援性能を獲得するので、是非育ててやってください〜！(性能抜きでも単純にかわいい)

同じ育成具合でどちらを使うかということであれば、何のために組む編成なのか、他のメンバー誰なのか、敵が誰なのか、などによって変わります。

育てるリソースが足りずに今後どちらかしか育成難しいということであれば、現状だと星6解放されているコッコロになると思います。

ただ、現在どちらも星3とのことなので、コッコロ星6にする頃にはモニカの星6が解放されていて、そちらの方が強いという可能性も０ではありません。