新章に備えた育成について

低レアの高難度適正って大半は「特定場面でブッ刺さる」「高レアで代替がきかない」の意だと思ってるので、このキャラを育てておけば安心って言うのはあまりないと思います。
サポート役以外だと刺さったところでアタッカーなら高レアの火力でぶん殴った方が早い、生存力あっても低火力で長居されるとかえって邪魔って場合も多くあるので、高難度適正って言葉をあまり過信しない方がいい気がします。
育成優先度については、手持ちのキャラとの比較も込みで言えば槍メドゥーサ、アンメア辺りはやれることが多くなくて、育成済みのキャラで代用きくので急ぐ必要は無さそう。
とりあえず未育成の中で候補と用途挙げると
アレキサンダー（アキレウス、牛若丸のバフ役兼一緒に殴る用）
パラケルスス（キャストリアシステムの補強と周回）
メディア（単体術不在なので連発用。今回のイベントでも3T周回で起用された）
シェイクスピア（星2マーリン）
ヘラクレス（絆礼装付ければ汎用的な意味での高難度対策としてはダントツ）
この辺りでしょうか。
育てるキャラが判断できないなら再臨素材で詰まるとこまでレベルあげた後は保管庫と受け取りボックスに金種火詰め込んでおくといいと思いますよ。
マナプリもボックスで回収できるからそれを使って枠開放してやれば低レアのレベル上げ分くらいなら十分貯蔵可能です

クラスごとにお答えすると

セイバー→育成不要、宮本武蔵がいるから、武蔵で全部ぶったぎれます、武蔵で勝てないランサーのボスはいない

ランサー→育成不要、長尾影虎がいるから、キャストリアでバフった影虎で勝てないアーチャーのボスはいない

アーチャー→ダビデ、ここはロビンと悩むところですが、アーツ単体は既にエウリュアレを育成されているので、全体回避を持つダビデを優先、ここもまず負けないでしょう

ライダー→マンドリカルド、ここも正直アキレウスがいるので負けないのですが、万全を期して単体アーツ宝具のマンドリカルドを育成しましょう、キャストリアと組ませれば負けません

キャスター→メディア、正直ここはあまりおすすめできません、一応低レアの単体術ではメディアが最強なので名前を上げますが、ここは後回しでもいい

アサシン→育成不要、カーマがいるから、スカディがいなくても孔明キャストリアで挟めばライダーのボスには絶対に負けません、カーマで全部倒せるから低レアのアサシンは要らない

バーサーカー→ヘラクレス、絆礼装取得までに時間がかかりますが、取れば殿要員として非常に強力、聖杯戦線でも大活躍でした

アヴェンジャー→育成不要、邪ンヌとSタルがいるから、この二人がいてルーラーのボスに負けるなどあり得ない

ムーンキャンサー→育成不要、配布のBBちゃんをキャストリアでバフればアヴェンジャーには絶対勝てます。

ルーラーとアルターエゴはいらっしゃらないようなので、ここはフレンドからお借りしましょう、そもそもエクストラクラスはそんなに出番ありませんが

種火貯めといて新章来てから必要なの育てればいいのでは？

極端なことを言えばどれだけBOXを周回できるかを前提にしなければ好きなキャラを育てるだけでは詰まる場合があります。
ですので、先ずはスカサハキャストリア辺りのシステム環境を構築した後に、高難易度向けの高レアサバ、そこから足りてない部分を低レアで補えばいいかと。
それを自分で判断出来ないのであれば、キャストリア引くまで取り敢えず適当に既存鯖でお茶濁して石ためていた方がいいかと。