FGOの回答詳細

少し長くなりますが私見を書かせてもらいます。

まず玉藻＆マーリンの構成について。
そもそもこのパーティのコンセプトは通常ダメージをAチェーンの宝具連発や玉藻＆マーリンのスキルでリカバリしつつ、一人のアタッカーを超強化して殴ると言うアーツパの中でも割と攻撃的な構成です。

なので、耐久を目的とした場合は基本的に毎ターンの通常攻撃がこちらの回復量を上回るほどのダメージを出してくる相手や、クリティカル一発で大ダメージを与えてくる相手には不向きな構成です。

回復量に関しては宝具が回り始めればマーリンの宝具x２で毎ターン全体2000、宝具Lv1の玉藻の宝具が3ターンに1回として3で割って全体約700、玉藻のスキル3が4ターン毎に2500の単体、英雄作成EXが5ターン毎に3000の単体となります。
耐久する場合はこれを上回るダメージを受け続けると何処かで耐えられなくなります。

これを対策する方法は３人目のアタッカーで変わります。
大きく分けると被ダメ軽減が行える鯖を入れるか、耐えきれなくなる前に倒しきれるほどの火力を出せる鯖を用意するかの２択になると思います。
前者であれば攻撃力ダウン＆防御アップやスタンを行える鯖、後者であれば高火力のB宝具持ちやクリティカルで大ダメージを狙える鯖となります。

敵のクラスによっても選べる鯖は変わってくるので、この辺の対策可能なアタッカーを用意できる相手であれば玉藻＆マーリンでの攻略が可能になります。

最後に玉藻を最大限活かすには、とのことですが玉藻の最大の魅力はスキルCT減の宝具にあります。
Aチェーンさえ組みやすいカード構成ならば、スキルの回転率を上げれると言う唯一無二の性能で相手に合わせた色々なパーティを組めることが魅力なので、マーリン以外にも色々な鯖との組み合わせが可能です。

今回の以蔵さんのようなクエストなら玉藻＆孔明や玉藻＆マシュのような組み合わせでの攻略も可能なので、色々な構成で活躍させることを試してみることをお勧めします。