初心者ですが(*^^*)　サブクエストの宝箱、

私は弓キャラで宝箱を探してますよ。
まだカモメしかお持ちでないようですが、弓キャラが当たったらパーティに加えてみるのも１つの手です。
これはキャラを育てなくても出来るのでお勧めです。

弓キャラはチャージをして撃つ機能があるのですが、長押しすることで1から3段階まで弓の威力を変えることができます。
この時、宝箱やオブジェなどに自動で狙いをつけることができます。その機能を利用して、ダウジングのように宝箱や障害物がある方向を見つけ出せます。
そのまま弓を放って宝箱を開くなり、オブジェを破壊するなりもできますが、木や岩などで撃ち落せない場合もあるので注意です。

ともあれチャージをしてキャラがクルッと方向を変えたら、そこには何かがあるという事です。

ほとんどの場合、ひとつのステージに宝箱は3~4つあります。

宝箱をいくつ開けたか数えながら進み、ボスエリアの手前（2つめのエリアの出口ともいえます）へ来たところで自分がいくつ宝箱をあけたか数えてみましょう。
1つや2つであれば取り逃しているかも知れません。
3つで取っていて、木陰だったり、行ってない箇所がある気がしたら引き返すのもいいと思います。

それ以外の対処法としては、オプションのカメラの設定から、カメラの回転を大にして見ましょう。敵が現れるとカメラが回転するので、宝箱が映る可能性が増えます。

コロプラはイヤらしい場所に宝箱配置してくるので、私の場合は常にあっちこっち歩き回ります(無駄に。)

ビーム系のスキルを持つキャラを採用すると楽です。

自動照準系のビーム（ミコトやルシエラなど）
◯敵、宝箱まとめて射程内ならスキル打つだけで自動で一掃してくれる、とにかくお手軽
×壁を隔てるとき、照準をあわせてくれないことがある

可変ビーム（プレミオなど）
◯打ちたい方向にビーム出せるので、壁の向こうの宝箱も取れる
×自動で照準が合わないので、一掃する場合はグルグルする必要がある

２本の指で画面を回転させるように動かせばカメラのアングルを変えられます。自分はそうやって開けてない宝箱がないか確認しています。
ぜひ試してみてください。