強いウマ娘は最初から評判良かったかどうか

水着マルゼンは当時そうでも無かったです。
中盤圧縮の考え方がそこまで浸透していなかったこと、マルゼンの相性が全体的に死んでいること、ウンスショックの直後でウンスが必須かつ最強であったことから、ウンスに蓋をする嫌がらせの用途がメインで考えられていました。

逃げ全体のクオリティが高い試合で、競り合いで後続を引き離して「ウンス本体じゃなくても先頭になった逃げが継承アンスキで勝つ」というのが当たり前になって以降は水マルが最強になり、のちにファル子もコース次第では輝きを放っています。


クリオグリは当初からスリーセブン構築で、距離が777×3m前後のレースでは無双すると考えられていました。
有馬でも一定数使われていましたが、中間層にとってはスピードパワーに加えて賢さを盛るのが厳しく、爆発力はあるものの回復スキルの事故が賢さの低さに応じてあるので、当時は選ばれし人しか扱えないイメージがありました。

クリオグリ適正距離でクリオグリ一色になったのは、クライマックスシナリオでステータス爆伸びし、中間層でも賢さが楽に盛れるようになったためもあると思います。


チョコボンは逆に実装時は、唯一開幕で出る加速スキルの地固めを持っていたのであり得ないぐらい強すぎると言われていました。
しかも主にたづなギャンブルで苦労して手に入れていたコンセントレーションを覚醒で入手でき、地固めを発動するための逃げコツまで自前で持っている欲張りセット。さらには全スキル中最強とも言われる脱出術まで持っており、これまで苦労してヒントを集めていたもの全部が最初からある「ぼくの考えたさいきょうの逃げウマ娘」なチートキャラでした。

クライマックス実装と同時にバランス調整で先手必勝が地固めと同じタイミングで出るようになり、先手必勝確定の配布賢さブルボンをチョコボンに使えないため、優位点のひとつは消し飛びました。金スキルの先手必勝のほうが強いので、チョコボンは先駆けと地固めを合わせて使ってようやく同等です。

また固有スキルも長い距離であればあるほど序盤に近いほうで出るので対水マルで不利になることが多く、クライマックス以降は落ち着いた強さになったイメージです。
しかしながら脱出術とコンセは相変わらず強く、またアオハルシナリオではいくら欲張りスキルセットでもスキルポイントが足りねえよと言われていたので、クライマックスシナリオになってようやく理想通りのチョコボンが作れるようになったとも言えます。

まとめると
水マル　↗
クリオグリ　→
チョコボン　↘
で現在の３強に落ち着いた感じです。

ウンス⇨実装当初はバグもあり、微妙な評価。
後に逃げ親のテンプレに。

水マル⇨実装直後は微妙評価。
翌月のチャンミで評価爆上げになった記憶。

クリオグリ⇨実装の時点で2000又は2200のレースならぶっ壊れ評価。
尚、その後4カ月間程長距離と短距離とマイル続いた模様。

チョコボン⇨実装当初から逃げの欲張りセットで注目に。蓋を開けてみたらやっぱり強かった。

質問の回答としてはクリオグリだけは実装の時点で中距離で猛威を振るうと言われてて、実際そうだったって感じですかね。
他は環境とサポートと解析が進んだ結果の強キャラって感じだと思います。