６体目以降のカードはどう扱う？

私は保管庫に入れています。おかげで私も保管庫があふれています。

考え方は二つ。
①将来、限界突破等の新しい進化があるかもしれないので、無理して保管庫に保管。
②他の精霊の強化素材として使用。

②については、ガチャA精霊だと同色1500～2500＋10マナの強化素材として使えます。ガチャＳ精霊だと、同色10000程度かな？
少なくとも捨てる選択肢はないし、ゴールドは余っていると思うので、売却するより強化合成に使って、少しでも役立ってもらいましょう。
①が来ると怖いので、なかなか整理できない小心者です。

6体目どころか2体目だろうと使わないものは処分します。
使わないものを持っていても邪魔です。
カード枠がスッキリしていると日々快適に遊べます。

私もプレボに入れっぱなしです。
LtoLになってフルマナにしていたエルトを奇数にするのが面倒だったので
プレボの山から探してきてそっちを進化させました。
また今後今と変わってきた時用に取っておくのもいいと思います。
探すの大変でしたが。

さすがに保管庫に入れても無意味なので強化素材です。

私は基本ダブったカードはプレボから出しません。いまのところプレボはいくら入っていても大丈夫な使用なので。

質問の内容から察するに、ガチャで引いた精霊は全て手元にあるようなので、今後は手持ちをMAXにしてからガチャを引くことをオススメします。（もうやっていらっしゃったら申し訳ありません）

で、本題の６体目以降ですが、私だったら合成してマナにしちゃいますね。
たとえ艦隊性能であっても、６体は使わないので。

ガチャは自動素材庫送りをやめてメイトで埋めてから引くので、全てプレボ。必要なものだけプレボから出します。どれだけ被ろうがプレボに置きっぱなし。
以後、そのようになさっては？

メイトで埋めずにひいたら、6体目以降は限定なら保管庫。限定以外はマナにします。どうせ限定以外はすぐお会いできるでしょうし。

好きなキャラの場合は、保管にしまいます。
いらない場合は、売却します。