被りはどうすれば良いですか？

一般的な回答
2体以上同時運用のありえない精霊については、塩漬けにしておいてなにか(英雄凱旋無料ガチャなど)で4体目をツモったら再契約。
2体以上同時運用が有効ならそう使う。同時運用が2体までなら3体目は塩漬け。

そのリフィルについての回答
ふつうに2体使いすればいいです。
記事のサンプルデッキを参考にしてください。
https://gamewith.jp/kuronekowiz/article/show/166159
さすがに3体目は使えないと思うので、塩漬けにしておいて5体目をツモるのを待ちましょう。

後々の無料ガチャで被った時に3枚あれば再契約できるので、そのために持っておきましょう

クレティア型のステータスアップは2枚運用で真価を発揮するので、2枚までは有用です。
1枚はリーダーでexas、もう1枚はSSでステータスアップしましょう。最後の1枚は保管庫に入れましょう。

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EX_ASが登場してからは、通常のssとEX_ASの二体使い、またはss2～3体が普通になってます。
以前なら使えないから三体で再契約とかが、当たり前でした。
このゲームがどこまで続くか分かりません、また新しくても突如LtoLが有ったりするので、せっかく入手された限定はどこかに確保が今は良いと思います。
出た当時外れで再契約して後、クランやクイントゥスののように、鬼進化も有るかも知れません。売ってしまって後々悔やむ事の無いように。

とりあえず枠を確保して残しておくに1

私はどんなカードも基本的に1枚残す人だから、4枚以上被らない限り再契約はしません
黒ウィズのゲーム環境でどんなカードがどんなタイミングでどんなふうに輝くか分からないのが昔から変わらないからです

あなたの手持ちやガチャ結果によりますが、4枚以上被った場合再契約を考えるのがいいと思います

2枚までは使える機会もあるかもしれないけど3枚目は保管庫に入れておく他ないと思います。

何が何でもほしいキャラがいる、重課金できるなどの場合を除いて、被ると無駄になるキャラが出た時点でそのガチャをまわすのはやめて次のガチャを待つのが得策ですよ。
最初は色んなところでクリスタルが手に入って余裕がありますが、一通り取り終えると1つのガチャにつき20〜30連するくらいのクリスタルしか集まらなくなるので貯金は大事です。

イベントでは片方をEXAS、もう片方をSSで運用することで耐久力がえげつないことになります。3枚は使わないかと･･･