サポートキャラについて

私なりに差別化した場合

ミレイユ→自動精神統一と、乗算化や回復量UPを利用出来るリジェネ値の高さ、自動復活
アイリス→属性ダメUP＋ルーンセイバーという強職＋いざとなれば前線で戦える力がある

「同じ職のキャラを入れずにクリア」のサブクエ(KC3のヘル等)で組むメンバー次第になりますが
杖トワやイナンナみたいにスピードバフをかけるサポートスキルをセットで採用する場合
ミレイユだとふたりと被るのに対し、アイリスはふたりと職が被らないメリット

6thクロカにアタッカーをさせる場合、アイリスなら職が被るがミレイユなら職被りが無い

両者ある前提＋キャラ編成が自由なクエストに行く場合の回答になりますが
エースを任せられるキャラが別にいる場合はリジェネ値が高め＋復活付与や職性能で復活ができるミレイユ
控えでも戦えるキャラを組みたいならアイリス

みたいな感じで採用すると良い気がします

基本的にはどちらでもいいと思います。しいて言えば、
ミレイユ：SP回復目的or復活目的
アイリス：戦力目的
両方未所持の動画勢なので、他の人の意見を優先してください。

以下、サポートスキルで気を付ける事を話しますね。
サポートスキルは発動してからバフをきちんと受け取るまでに多少の時間が必要となります。また、バフを受け取れる範囲もキャラ毎に決まってます。これらが重要になるときもあります。

実例を挙げると、弓ファナは相当早く、なおかつ広範囲にバフを巻きます。そのため、よほどのことがない限りほぼ受け取れます。
対して、槍フェイは範囲が狭く、発動も少しだけ遅いです。このキャラは、
①サポートスキル中にワープで移動する。
②移動速度をめっちゃ上げてる。
などの状況で、受け取れない可能性が高いです。
特殊な例でいうと、イナンナはバフ自体は広範囲かつ早く巻きますが、その後の回復はとても遅いなんてのもいます。

ということで、素早くクエストを終わらせたい時は（移動速度をめっちゃ上げてるはずなので）、広範囲かつ高速にバフを巻くキャラがいいです。これは実際に試すしかわからないです。
グラプロとかの難しいクエストなら、あまり気にしなくてもよいと思います。

長文になりましたが、参考になれば。

効果的にはミレイユの方が強力だと思います。

比較しましょう。

アイリス
・攻撃175
・HP自動回復（4秒間隔、基礎値350）
・SP自動回復（4秒間隔、基礎値4)
・属性アップ150

ミレイユ
発動時HP回復（基礎値1500)
発動時状態異常回復
・攻撃150
・HP自動回復(3秒間隔、基礎値350）
・SP自動回復（3秒間隔、基礎値4)
・自動復活

どちらも攻撃バフという火力面補助
＋回復補助　という構成です。
アイリスには属性アップがあるので、少しでも属性が欲しい場面にはアイリス有利ですが、基本的には無視していい効果。
攻撃バフも一応25差がありますが誤差、タウンが育ってる場合は特に、攻撃バフ150もあればどのみち攻撃カンストしてしまう場合が多いです。
いずれも勿論、付与効果が被る場合は高い効果しか優先されないので注意。

注目したいのは回復補助面の差。
基礎値は両者同じですが、回復間隔に差があり、アイリスは4秒、ミレイユは3秒です。
つまり回復効率はミレイユがアイリスの1.33倍なわけです。
さらに言えば魔導士はレベル150にするとHP回復の基礎値が2倍になるボーナスがあるので、
HP回復面だけで言えばさらに倍の差に。
サポートスキル発動時にも割と多い量の回復をしてくれるので、回復面の補助はミレイユの方が圧倒的に優れていると言えます。
自動復活付与ほか、魔導士ゆえにパーティの蘇生役もこなすことができるので、総じてパーティ全体の生存能力を高めるなら圧倒的にミレイユです。

属性補助、本人も戦闘で使いたい、などの目的がない場合でアイリスがミレイユに勝る点があるとすれば
付与速度。サポートスキル発動から効果付与までには若干のタイムラグが各々にはあり、
アイリスはよっぽど速く動き回ってなければ付与漏れしないくらい付与が速いですが、ミレイユの場合は付与漏れがあり得ます。気になるのであればアイリスを使ってもいいですが、ミレイユを使う場合はちゃんと付与をもらうようにしましょう。

バフを掛けられるキャラが攻撃力200％アップとか持ってたらアイリスの攻撃力バフは無効になる。他のバフも同じ仕様。
だから掛けられるキャラとの相性もあるので、一概にどれが良いとか言えないかな。最悪どっちとも連れていけばいいと思う