白猫の回答詳細

※個人の解釈を含みます。
帝国戦旗ll REQUIEM
某日、聖王家の主流派（カテリーナ大公陣営）が秘密組織VOXを擁していると判明し問題になりました。
カテリーナはVOXの存在価値を示すため、同時にリークされた非人道的兵器の研究の実態を調べ、首謀者を捕らえると宣言します。
〜もちろんこの兵器研究の首謀者はカテリーナ自身です。しかしカテリーナはVOXをミスリードし、革新派のユリウス（弟）のせいにしてそのまま始末させようとします。
これらの情報はアッシュがかまかけのためにリークしたもので、カテリーナはこれをチャンスととらえ利用しようとしたということです。
一方帝国組。帝国の秘密情報部が作成した裏切り者リストが本物か調べるため連邦に潜入。この際ジュダは暴走寸前状態だったのでアイシャが〈拒絶〉の概念で能力の大部分に制限をかけました。リストは本物かという結論になりかけたところで連邦で起きた一件についても気になり調べることに。
〜ブラックレター作戦
帝国内に連邦の協力者を大量に作る作戦。連邦の諜報機関局長ボリスが非合法組織A（＝パイドパイパー）を通じて成功させました。
〜パイドパイパー
（もと？）帝国秘密情報部・対連邦部局長エグベルト・ヘクマン（＝埋葬者）が率いる犯罪組織。カテリーナの指示でヴェーザーベルク城で概念兵の研究を行なっていた。首領が秘密情報部局長というだけあって帝国内に繋がりがあるからか、ボリスはこの組織の活動に目を瞑る代わりにブラックレター作戦の協力を持ちかけました。
・カフェでの狙撃事件
ボリスが聖王家にも恩を売るため直属の部下である諜報員をVOXに接触させパイドパイパーの兵器研究の情報を伝えようとします。（ブラックレター作戦はおおかた成功したのでパイドパイパーは用済み）
帝国組はブラックレター作戦についての情報目当てで諜報員に接触しようとしました。
が、パイドパイパーの一員によって殺されました。

その後帝国組はボリス主催の晩餐会を訪ねた後、殺された諜報員が持っていた銀貨に仕込まれた幻影のルーンが映すヴェーザーベルク城（パイドパイパーの研究所）に向かいます。そこで埋葬者と遭遇。この時点で秘密情報部の裏切り者リストはデタラメとわかります。我欲のルーンの影響でジュダの我儘が暴走しかけたのでアイシャはジュダを遠くに飛ばしますが反動で倒れ捕まります。
一方サイファーエリスは殺された諜報員が使っていた倉庫を訪ねますが、アッシュに襲われいくつか資料を持ち出されます。持ち帰ったぶんの資料から（アッシュが適当に作ったので本来意味などないが）カテリーナは聖マルクト病院（おそらくユリウスを貶める為の偽の情報がある）へ向かえと指示しますがアッシュが残した「笛吹き男＝パイドパイパー」というヒントを信じてヴェーザーベルク城に行きます。
そこでエリス達は記憶を取り戻す。研究所にいた子供達が概念兵に。カテリーナは洗脳済みのアイシャを議事堂制圧に行かせた後、エリスを洗脳し〈支配〉の概念により概念兵を指揮させ破壊活動を開始。サイファー達が逃げたので、カテリーナは概念兵達と議事堂制圧へ。（議員達はヴェロニカの誘導で全員脱出できました。）
〜エリスの人攫い
幼少期エリスサイファーアッシュと研究所の子供達はスラムで暮らしていましたが突如子供達が人攫いに遭います。これはカテリーナがエリスを操り子供達を研究材料として連れていかせたというのが真相ですが、〈支配〉の概念で記憶が改変されていました。
途方に暮れるサイファー達の前にジュダが現れ悟し、共闘を持ちかけます。
ジュダが議事堂前の概念兵達の相手をします。そこで洗脳済みのアイシャが冒頭でジュダを縛った〈拒絶〉の概念を解き我儘を暴発させようとしますが、我儘に触れたことで洗脳が解けます。同時にジュダの力も解放され、概念兵を一掃。暴走はしないようになっていました。そのまま影で議事堂に行き埋葬者と決戦。アイシャは輸出用？の概念兵を運ぶ飛行艇に乗り込みそれを処分、搭乗員から概念兵のデータを記録したルーンを奪います。
ジュダが議事堂前で戦闘中、議事堂内にて、サイファー達はエリスの目を覚まさせ、3人で概念兵達を撃破。カテリーナは倒れた概念兵の誤作動？で胸を貫かれ死亡。
カテリーナが死んだことでVOXの今後の所属について問題になりますが、サイファーが死んだカテリーナの弟（ユリウスの下）の隠し子であることを証明し、当主、VOXのリーダーとなり解決。
その後最初のカフェにて、アイシャは飛行艇から奪った概念兵のデータを提示し、アッシュからブラックレター作戦の本当の裏切り者リストを受け取ります。流れで打ち上げ。
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