ストーリーを進める方がいいですか？

可能であればメインストーリーをやってからの方が良いですね。
私も最初のころは白猫でも屈指の人気ストーリーと言われるダグラス2というイベントがやってた時に始めたのですが何がおもしろいのかさっぱりでした。
しかしその後にメインストーリーを進めて物語の流れがつかめるようになって1年後にダグラス2が復刻して改めてプレイした時はとても面白かったと感じました。

なので無理にとは言いませんがゼロクロニクル前にメインストーリーは可能であれば11島までは見てからやることをお勧めします。
そこまでやればゼロクロニクルも完全に話が繋がると思います。
ただし若干ネタバレすると物語が大きく動くのが8島以降なのでちょっと辛抱は必要ですが‥

もしくは来年も復刻すると思うのでその時まで取っておいても良いと思います。

以上、自分語りが過ぎましたがご参考になれば幸いです。

ストーリーを楽しみたいのなら
イベントを順番に進めましょう。
テンペスト→トラベラー→ツバサ→エンプリオ→ワールドエンド
ゼロクロはめちゃいいストーリーです。
読んでください。ぜひ。

初心者さんということなので
ストーリーで石集めしつつ、ストーリー読む。
という感じでもいいかと思います。

ワールドエンドは
蒼き炎のテンペスト
とらぶるトラベラー
亡国のツバサ
カオスエンブリオ
の4つの魔幻獣イベントの総決算です。
なので、
4つやってないと内容についていけません。
むしろ、全くメインと関わってないかもしれないw

ゼロクロニクルは、メインの過去編なので
こちらは、メインも11島まで見た上でのほうが
より楽しめると思います。