そもそも

そういうわけにはいきませんね。別にぷにコンの特許自体に問題はないのですよ。あの特許はぷにっとひっぱる見た目だけの特許ですからね。それの中身である「操作性」が任天堂のものではないか。というのが今回の問題です。
まぁ操作性に関する特許もコロプラは申請しているのですが、任天堂が持っている特許は殆どのタッチパネルゲームに使われるであろうキラー特許なので、それに触れていないというは少々考えにくいのです。

なのでコロプラの任天堂特許侵害が事実であったと仮定するならば、まず賠償金はそれなりに取られます。44億は無理でしょうけど。
その上で白猫の配信停止(前例がないはずなので可能性は低いです)
or白猫の操作性に一切の任天堂の特許を使用出来なくなる
or白猫の操作性を維持したままでライセンスの契約を結ぶ
or白猫はそのままにぷにコンや操作性に関するアピールをやめさせられる
敗訴した場合は上の方に書いている可能性が増え、和解した場合は下の方に書いている可能性が増えるといった感じだと思います。

コロプラは「サービスが終了するということは断じてございません」と述べていますが、あれは信用してはいけません。任天堂が述べた場合は十分意味のある事になりますが、これを決めるのはコロプラではありませんので。
正直現状のコロプラを見るにあまりいい結果にならない気がするのですが、ユーザーの事を考えるなら早めに和解に持ち込んで欲しいものですね。

ぷにコンの特許を取り消した所で、ぷにコンの技術に任天堂の特許のが使われてる時点でアウトです。任天堂から注意を受けた時点で特許使用料を払っていれば大丈夫だったかもしれませんが。後、ゲーム内のお知らせに載ってましたが、配信停止にはしないみたいですよ。システム改修してでも続けるみたいです。まぁシステム改修には時間かかるでしょうから、その間は出来ませんけどね。改修する体力が残ってるかも心配ですが。