まだ良く解ってないので教えて下さい。

強キャラにいい武器を与えたいか、職問わずとりあえず神武器が何かを知りたいか。
まず強キャラにあういい武器について
その画面において自分が現状強キャラと判断するのは
双剣エレノア・弓ガルガ・ユーカレア・輝剣ディーン
の4体です。
双剣エレノア
ベストはエレノア餅だと思います。クエストや人によってアイシャ餅、セツナ餅を使うこともあります。
弓ガルガ
ガルガ餅・エリス餅・ティナ餅・リルテット餅など、弓の強武器なら割となんでも。エリス餅・リルテット餅は凱旋対象外。
ユーカレア
ルビィ餅・温泉ルウシェ餅ほか拳も強武器揃いなので割となんでも。一般的にはルビィ餅でゾンビプレイしてる人が多いと思いますが凱旋対象外。温泉ルウシェ餅は神武器でもあるので入手推奨。
輝剣ディーン
茶熊ルウシェ餅。こちらも輝剣の汎用神武器なので一択です。

職問わず何が神武器か
凱旋対象外のルビィ餅だのエリス餅だのは言っても仕方ないので外します。また、神武器と認定する基準は交換素材が少ないであろうことも考えて相当厳しめです。
・斧 キアラ餅
火力補正が斧の中で群を抜いてる上にSP回収力も上昇、さらに武器スキルが完全無敵で、誰でも厄介な攻撃への回避手段を得られます。
・拳 温泉ルウシェ餅
状態異常バリアを持つ上攻速移速ともに強化できて撃破SP回復で周回にも使えるいわゆる神武器。
・弓 ティナ餅
会心ダメ・攻速移速チャージ短縮・即死回避、汎用的な欲しい効果がオートだけに詰まってるので武器スキル使う必要のない快適武器。
・杖 ファクティス餅
微妙に違いがあるが温泉ルウシェと同様の説明。
・双 双剣ノア餅
状態異常バリアをケアできてステ補正も強い武器。
・変 シェリル餅
攻撃・会心ダメ・即死回避、火力補正がオートで完結しており、人間にならなければ使えない武器スキルではSP回収を補助する、変身士の特性に合った完成された武器。
・輝 ルウシェ餅、（ソアラ餅、シエラ餅）
攻速・オート会心ダメ・撃破回復、強い。武器スキルでさらに火力を上げられるが使わなくても大したことないので使う必要がなく逆に楽。ソアラ餅も似た性能だがあえて1つ選ぶなら自分はルウシェ餅。シエラ餅は光属性専用武器だが、でなくても十分強い。

汎用神武器でかつ現状手持ちの強キャラにもあってる温泉ルウシェ餅、茶熊ルウシェ餅、ティナ餅は問題なく積極的に入手しにいくべきだと思います。
ノア餅は最大の強みである状態異常ケアがエレノアには無用なのがつらいです。個人的にはどうしても対策したい状態異常があるときはクエスト毎にアクセで１つ対処すればさほど気にならないですし、エレノア餅も十分汎用的な性能を持ってるのでエレノア餅でいいかなぁと思います。
その他の武器は、素材などの余裕、今後のことも考えて判断しましょう。でもファクティス餅は入手しといた方がいいと思います。キアラ餅は今後斧武器がインフレするかもしれない、斧自体強キャラが少ない、シェリル餅はキャラ自体が全然登場しなくて腐ってる武器ですが壊れ変身士が来た時持ってなかったら確実に後悔するであろう武器です。