ユッカの設定

こうみるとユッカはとくにそうですが、ユッカに限らず初期からいるキャラは後のイベントと性格や設定が合わないことはしばしばあります。
（ルドヴィカやディートリヒあたりでも元々そんな性格だっけ？みたいなのが結構ある）

ユッカの話に戻しますと、サマーとしての人格・記憶は封印（抹消？）されていますのでユッカとしての”設定”は時計塔の住人として与えられたものと解釈するのがベターかと。

「実は○○は△△による作り話でした」的な、乱暴に言えば”夢オチ”扱いは続編作るときに前作の設定が邪魔になったときの最終手段ですねｗ
夢オチ、洗脳（幻影）、劇中劇などやり方はいろいろありますけど構造は同じです。

ユッカの旦n…いやなんでもありません
単刀直入に言うと、エタクロ3どころか2の時点で設定がおかしくなっています

ユッカちゃんの初期設定では「偉大な時計整備士の父の後を継ぐべく修行中」とありますが、サマー→ユッカちゃんとなった事を考えると上記の設定は完全になかったことになったと言えます

また、「街の古い教会のからくり時計を直すのが夢」ともありますが、エタクロ2の時点で時計塔は出ることも入ることもできないという設定があります
じゃあこの街って何？という事になり、そもそもユッカちゃんが（十数年生きていて）時計塔から出られない事を知らないはずがない事を考えるとこの夢も何かおかしいなと思います　出られないなら直す事すらできませんし

しかしこれは叶う可能性が出てきました　アリスやユッカが時空の狭間に弾き飛ばされた事があった、つまり時計塔から脱出できる可能性が万が一にもあったからですね
そこまで考えたら「街の古い教会のからくり時計を直すのが夢」というのは現実的にありえそうですが、ユッカちゃんが登場した2013年5月時点でそこまで考えられていたかどうか…

これは単なる可能性の話だけど、聴いてもらいたいニャ。

無印ロストエデンで、アルドベリクとルシエラの過去は流れが歪んでいてループになっていました。原因は異なりますが、エターナルクロノスⅢでも時間の流れは歪んでいて、ループになっていました。この近似は偶然でしょうか？
ロストエデンでアルさんとルシエラに無数の<可能性>があったように、ユッカちゃんにも無数の<可能性>があったのではないでしょうか？ エタクロⅢでの解決は終わりではなく始まりに過ぎないのかも？ ぽっかみ ぽっかみ。

　検索をかけてみたら確かに｢鋼鉄の剣と魔法によって支配されし、ある異界｣出身とされていますね。
　その異界の時計塔の整備をしていたらねじの閉め忘れか何かで時空の狭間へと飛ばされたというのが彼女のバックストーリーであり、たしかにエタクロ3とは矛盾していそうですね。
なるべく矛盾を無くす方向で考えてみると

鋼鉄の剣と魔法によって支配されし、ある異界(ユッカ)
↓(事故で記憶を失う･･･とか？)
サンザールの御子(サマーとして生きる)
↓
時界(ここで記憶のすり替え？)
↓
エターナルクロノス(ユッカ)

　このように移動していて、最初にいたのが鋼鉄の異界なら一応矛盾は少ないかと思います。サンザールの御子は旅人であるリザでもなれますので、サマーが必ずしもサンザール出身である必要はないですし。
　とはいえこれもかなり無理があるような気はするんですよねえ･･･ どこか見落としとかありそうですし、文字だけで少し急ぎで読んだ上で無理やりまとめたので･･･

ネタバレではなく妄想を書きます。

プレイヤー視点では矛盾するかもしれませんが
ユッカ視点ではどうでしょう。

サマーとして生み出され
時計塔のユッカとして存在していますが、
彼女は時計塔に必ずしも
必要とされる存在ではありません。
事情があって引き取られた（匿われた）ものです。
そして、彼女はサマーとしての記憶を
持っていないように見えます。

この先、時計塔が彼女を
不要と考えた（匿うことができなくなった）場合
彼女はどうなるでしょう
始末される？
まったく異なる世界に
異なる記憶をあたえて
送り出されるかもしれません。

私達が最初に見たものは
彼女の未来の姿かもしれません。