EXルーンって

自分のお気に入り（よく使う）のキャラ、その時に活躍してる強キャラ、攻略サイトなどのランキングでトップに入ってるキャラに使うといいかもしれません。
少なくとも自分はそうしてます。

前はEXルーンの配布も少なかったですが、最近はかなり配っているので使ってしまって問題ないかと。
もちろん、新キャラ用に残しておくのもありですが、躊躇するのももったいない気がします。
新イベの時には必ず手に入りますしね。

最強キャラのランキングやキャラの評価を参考にしたりもしますが、自分の好きなキャラや、ランキング外でも自分が強いと感じるキャラに使ってます

確かに7凸したのにあまり使わなくなってしまった過去キャラもいますが、EXルーンも最近はそれなりにもらえるようになったので前ほどキャラを厳選しなくても良いのかなと思ってます

常時6個はEXルーンを残してはいますがあまり躊躇せずに使ってますよ

順当にプレイしていれば結構な数を入手しているはずなので、今後のために残すとしても、そこまで考え込む必要はないかと思います。
単純にその時点での強キャラや、使用頻度が高く愛着のあるキャラに使ってしまって良いと思いますよ。
キラーダメージ所持キャラに比べると恩恵は少ないかもしれませんが、移動速度バフのないキャラにマッスルゴーレム、協力の保険でベルルムを装備なんかをさせるだけでも快適になりますし。
必要性を感じなければ無理に使う事もないですが、特によく協力で使うキャラなんかを底上げしてあげても良いと思います。

自分がメインで使うキャラに使っちゃっていいと思いますよ
自分は結構好き勝手に使ってますけどそれでもEXルーンは余りに余ってるので
これからもどのイベでも配られると思うのでお好きなように（╹◡╹）

自分が好きなキャラや何かを上げたい(最近だとhpとか)ときに使ってますね
なので結構余ってます

お気に入りキャラや一芸特化タイプを更に特化させるのに使ってます。正月チュンメイに幻獣特効マシマシにしたりとか。そこまで石板無いけど。

ダグラス、グレイブ、バケコに使いました
使えるヒーローキャラは鉄板ではないでしょうか