メインストーリー的な

絡み度合いの基準が難しいですが…
思いっきり絡んでるもの、っていったら本当に直接関連するのはゼロクロニクルただ一つだと思いますね。
ワールドエンドは一般アニメでいうところの劇場版とかスピンオフの類。設定につながりがあるというだけでストーリー上関連はないものと見た方がいいと思います。他のものも。今後メインにワールドエンドの設定が逆輸入という可能性もありますが。
また、ゼロクロニクル、ワールドエンドなど周年記念イベントは周年毎に復刻はあってもルーンメモリーに追加されることはないんじゃないかと思います。1周年記念イベント、ドラゴンズサーガも未だに登録されてません。
ワールドエンドについては前座としてワールドエンドにつながる4つのイベントがあります。
・蒼き炎のテンペスト
・とらぶるトラベラー
・亡国のツバサ
・カオスエンブリオ
これら４つはルーンメモリーにあります。上から時系列順です。周年でワールドエンドが復刻する前に順次プレイするといいでしょう。

やった方がいいよ
・貴石のアステリズム→13章センテリュオ動乱
ストーリー的絡みはないですが設定につながりがあります。ルーンメモリーにあり。

他
・白猫温泉物語1，2→6章アオイの島
6章後の話。アオイの島のセオリが温泉を掘り当て観光業を始める。そこに主人公達が招待されて…舞台がアオイの島の冬バージョン。1はルーンメモリーにありますが2はないです。
・白猫ミステリーランド→9章ジモ島
9章後の話。ジモ島で開催されるボディビル大会の審査員として主人公達が招待され、そこで事件が発生。舞台がまんまジモ島。ルーンメモリーにあり。
・ダグラス1.2.3
3シリーズ通してのラスボスとしてエピタフの手下、愉快な道化の紙芝居（シャッテンシュピール）の1人であるルエルが登場。エピタフも出演。どれもルーンメモリーになし。3で登場するシュガーは闇の戦闘民族ヴェガン族の末裔。
・ロッカイベ1（スノウフェアリーテイル）→9章ジモ島
9章ラスボス、“愉快な道化の紙芝居”ドゥドゥの初登場。ルーンメモリーにあり。
・ドラゴンズサーガ（1周年）→10章バルヘイム
10章ラスボス、“愉快な道化の紙芝居”ウィユの初登場。ルーンメモリーになし。
・ネオンの島の100億$$$
“愉快な道化の紙芝居”ナーペルが登場。メインには今のところ一切登場していない。ルーンメモリーにあり。
・光焔の御子と黄金の覇者
ヴァルアスが“謎の男”名義で敵司令塔として登場。ルーンメモリーにあり。

・エピタフが黒幕であるとされるイベント
絶海の侵略者、ダグラスシリーズ、他あまり思い出せないが初期のイベントの黒幕はエピタフだったりすることがしばしば。ダグラスにはちゃんと登場するが基本名前のみの登場ばかり。絶海の侵略者はルーンメモリーにあり。
・スキエンティア（8章）が舞台のイベント
魔法学園イロジカル・オーバードライブ紅蓮1。どちらもルーンメモリーにあり。他にもあると思う。スキエンティアが舞台であるというだけで特にストーリー関連はないがレクトが変身の力を手に入れた遺跡には何かあるのかも。

私が知る限りだと「Brave the Lion」シリーズ（通称ダグラス）がかなり深く関わってますね
特に3はエピタフ関連のことに触れられてたりメインストーリーのNPCとして出てきた敵がボスを勤めてたりします。（言うてもゼロクロニクルで殆ど補完されてますが）

こちらはルーンメモリーにはありませんがタウンのシアターでストーリーは見ることができます。

あとはメインストーリーに関係があるかは微妙ですが白猫温泉物語は5島のアオイの島を、白猫ミステリーランドでは9島のジモ島をそれぞれ舞台としています。
こちらはルーンメモリーに入っているのでメインストーリーを攻略済みならやってみると面白いかもですね。

それ以外だと光焔の御子と黄金の覇者で陰気メガネ…じゃなくてヴァルアスがちょろっと出たりSnow Fairy tale（通称ロッカイベ）でエピタフが関わってたりします。
が、メインストーリーに関わるほどではないですね

以上です。
少しでもご参考になれば幸いです。