白猫の回答詳細

私はEXルーンは本垢で55個、サブ垢で66個の在庫がありますね。必要な分だけ使う様にしているのでまだまだ余裕があります。

私の中でEXルーンを使う必要があると判断しているのは以下のキャラ達です。

・ベルメルや剣ファルファラなどのキラーダメージの強キャラ（そこそこの性能があるなら迷わず4つ使用）

・ユキムラやセツナなどの明白な超ぶっ壊れ性能キャラ（迷わず4つ使用）

・シュシュやソアラ、弓レイヴンなどの石版によって9割カットに達する9割カット必須の強キャラ（必要な分だけ使用）

・自演ソロ用に属性イベントでリーダースキルを活用する双剣クレア（4つ使用）←これは自演ソロする人だけにしかオススメ出来ないかも知れ無いです。私はEXルーンに余裕があったので使ってみた感じです。強キャラってアタッカータイプの場合が多いので相手役に双剣クレアにして部屋を立てると属性ダメージが増えて良いのです。レクト、ユキムラ、シュシュ、などなどの相手役用なのでパーティー全体に影響のある石版を付けて属性ダメージを出せる強キャラをさらに強化して周回しやすくする目的です。

質問者さんと同じく、ユキムラ、イロメロ、神気ツキミ持ってますがその中でEXルーンを使ってるのはユキムラ（4つ使用）だけです。
ユキムラは超ぶっ壊れ性能で今後の使用頻度が著しく高くなるキャラであろうと考えられるので迷わず4つ使いました。
イロメロはティガロ餅なら石版開けなくても9割カット出来るので高難易度行くならティガロ餅にすれば良いと考えてEXルーンは使って無いです（普段使いはイロメロ餅装備させてます）。
神気ツキミもヒナ餅なら石版無しで9割カット余裕なので使って無いです。ハーヴェイ餅も持ってますが彼はオファー☆7で現役なのでモチーフ武器は取り上げられない（おっさんは餅武器じゃ無いと使い物にならない）ので結局、茶熊ツキミには基本的にヒナ餅で我慢して頂く事が予測されます。なのでEXルーンは使って無いです。

EXルーンは入手機会が限られているアイテムですし多少は節約を考えるべきだと思います。EXルーンを使う時は"なぜ必要なのか？本当に必要なのか？"を考えてから使った方が良いかも知れませんね。もしくはキャラを使っていて必要性を感じた時が使い時なんじゃないでしょうか？