マクロス アルトの分岐進化について

・アルトがデッキに入っている
・アルトがお気に入り登録されている
のどちらかだと素材として使う事ができません。
なおアルトはレベル1で問題ありません。無論レベルMAXでも構いませんが、レベルを上げた分無駄になってしまいます。

画像を見ると、進化合成窓では、アルトの枚数が「なし」になっていますね。
下には明らかに２枚見えています。
ベースカードがMAXでなくても、ボタンが押せないだけで、進化素材はブラックアウトにはなりません。
お気に入りだと★が付くし、デッキに入っていても、枚数は表記されますので、枚数が「なし」ということは、システム的に認識されていないようです。
翡翠&琥珀さんのアドバイスのように、キャッシュをクリアしてみてください。
それでもダメな場合は、運営に問い合わせるといいです。
［メニュー］→［ヘルプ］→［お問い合わせ］→［ずっと下の方の［一般サポート窓口］］に、画像を添付して問い合わせてください。
「ご意見・ご要望」だと返事が遅いので、一般サポート窓口の方を使うことをお薦めします。

ITYNさまのアドバイスされている手段でもアルトを認識できない場合、
アプリの再起動とキャッシュクリア（menu→オプション→キャッシュを消去）をお試しください。

私もレイド報酬の方で同じようなことがあり、皆さまにアドバイスいただき解決しました。

他の方のアドバイス以外で気になったのは
記憶がぼやけてますが紙ヒコーキのLVがマックスでなかった気がします

でも進化素材側のアルトが暗いので
デッキに入れているかお気に入りになっていることは確かかと思います