パネブ

難易度（3色や2色パネルの出やすさ）はそのクエストごとに設定してあり、パネブの効果（ある色の出やすさ）とは別のパラメータだと思って下さい。よって、パネブをたくさん積めば複色パネルが減るということはありません。

パネブは単色と2色に効果があり、エクストラの場合3色率が高くなりますが単色と2色パネルも出ないわけではないので、一応意味はあると言えますが、ノーマルに比べれば影響度は少なくなります。
エクストラの場合は難易度低下の結晶や潜在持ち精霊を積んだ方が効果的と言えるでしょう。

ノーマルやハードでは、複色パネル減りはしませんが多少は積んだ色のパネル出やすくなるでしょう。体感、パネブ積んでもよほど沢山積まないと、効果あるの？と感じる時あります。エクストラでの効果ですが、たとえば水積んだら雷と火の二色よりは水がらみの二色や三色出ないかな。ってた言う感じで使ってます。一枚も水絡みのパネル無いと困りますから。どういう設定かは運営のみ知るです。ともかく空いた結晶にはパネブ付けておくのが黒猫では無難じゃ無いですか。

基本的にパネルブーストはパネルの色を強制的に書き替えるだけで難易度を変える効果は公表されていませんので、クエストの各難易度に合わせた単色や複色パネルの割合は変わらないと理解しています。
パネルの難易度を変えるには、難易度に影響を与える潜在能力または結晶効果が必要です。

以下、根拠はありませんが、私が想像するパネルブーストのメカニズムです。

－－－－－パネルブーストに関する仮説－－－－－
最初に、クエストの難易度に合わせでランダムに選ばれたパネルが用意されます。
そのパネルの色に、パネルブーストの数に応じた色変更の補正が入ります。

例えば、単色パネルの場合であれば、用意されたパネルのうち雷以外のパネルについて、(ｎ×ｘ)％の確率で雷パネルに強制的に書き替えます。
（’ｎ’はパネルブーストの数、’ｘ’はパネルブースト１単位当たりの係数）
２色パネルの場合では、雷を含まないパネルについて各色ごとに(ｎ×ｘ)%の確率で当該の色を雷に強制的に書き替えます。

この考えであれば、パネルの色の数（２色／３色）には影響を与えずにパネブを入れた色を増やすことができます。

ただし、この方法では複数の色のパネブがある場合の処理は説明できません。
また、あくまでも仮説ですので、まったく異なるアルゴリズムであるかもしれません。悪しからずご了承ください。

クエストに挑んだ際に、出現するパネル(単色が何枚、2色・3色が何枚とか)はもう確定しています。

1～3戦目で単色パネルばかり出現したら、ボス戦で複色でる確率が上がり、
1～3戦目で複色パネルばかり出現したら、ボス戦で単色でる確率が上がります(と、私は認識しています)

簡単な潜在の説明ですが、
パネブ＝出現するパネルが、ブーストされている色がでやすくなる。
難易度ダウン＝出現するパネルの難易度が下がる。(相対的に複色の出現率が下がり単色の出現率が上がる)

なので、回答としてはノーマル・ハードで積んでも複色パネルは減りません。
エクストラでは、ブーストされた色がでやすくなります。(赤パネブならば相対的に赤青・赤黄の出現率が上がり黄青の出現率が下がる)

３色パネルを踏み倒すつもりなら意味はないです。
　ただ、難易度ダウン付きの精霊がデッキに入っていたり、もしくは結晶をつけた場合には２色パネルが若干増えると思います。何もなくても２色パネルはちょっとは出ますよね。
そういう時に、どうしてか肝心の自色が含まれていない事も多々見受けられます。
　なので、枠とコストが余っているなら保険的に付ける程度で良いと思います。

　複色を減らすには・・・前述の難易度ダウン潜在持ちの精霊を入れる、難易度ダウン結晶（明日から復刻予定の心竜にてGETできます）を使うしかないです。
　ご存知かもしれませんが、それらがたくさん入ると、エクストラでも単色がたくさん出たりします。

　追記：私の場合はハードクリア時のデッキを残してあり、そのままエクストラに使用するのでつけっぱなしが多いです。