白猫の回答詳細

ギガスとスカル両方持ちです
どちらも一長一短で甲乙つけがたいですね
私が使った限りの特徴を書いていくので必要と思う方を選択するのがよろしいと思います

・ギガス
仰るとおり輝剣であれば誰でも使える性能です。私が一通り試した感じエレノアとシルヴィア、ルウシェが相性いいですね

ギガスはSP制限のあるクエストで重宝します。
チャージスラッシュしてるだけで敵が溶けるので茶熊闘争祭みたいなクエストで使えますね

ただしボスなどのHPが高い敵では普通に攻撃を食らうので相性が悪いです
スキル主体で闘ってあいまあいまの通常攻撃火力を底上げするような感じですかね

・スカルマグナ
こちらは使うキャラが限られてルウシェとエレノアが相性良いです。ヨナやシルヴィアはスカルマグナの仕様上相性は最悪です。
補足:ヨナは手数が少なくSP回収しづらい、シルヴィアはSP消費が軽すぎて火力が上がらない

こちらはギガスとは逆に超決戦などのHPが高いボスに有効です。ルウシェなら立ち回りに慣れればキングジャガーで7億〜8億は安定します

ただし雑魚がすぐに溶けるクエストでは満足にSP回収ができないのであくまで高難易度クエスト向きですね。また初動のSP回収は自己強化なしでやらなければならないのである程度のプレイスキルは必須です。

以上です。

ちなみに個人的にはスカルマグナをおススメしたいですね。
ルウシェに装備させればキングジャガーも行けますしくわばらサンダーやすもぐりワンダーランドも属性関係なく高火力でゴリ押せます。
現状で適正クエストが多いスカルマグナの方が色んなところで遊べるので楽しいです。

逆に言えばギガスは色んなキャラで遊べるのでやはり人によって分かれそうなところであります。

ざっくりまとめると
ギガス…SP制限、そこそこ強い雑魚敵が多いクエスト向け。色んな輝剣キャラ使いたい人にオススメ！

スカル…超決戦などの強いボス敵が多いクエスト向け。ルウシェで色んな高難易度クエストや協力ソロしたい人にオススメ！

って感じになります。
あくまで私個人の考えになりますので参考程度に願います。

ご参考になれば幸いです