ダブった精霊について

失礼ながら、質問主さんのレベルが解りませんので答は難しいと思います。

例えば、レベル１００未満であれば、ガチャも大事ですが、レベル１００を目指してください。
あるいは、ガチャをする前にメイトガチャなどで１５０枚満杯にしておいて、クリスタルを使うガチャの精霊はプレゼントボックスに入るようにしておきましょう。
レベル１００以上になれば、保管ボックスが１５０もらえますので、融通が利くようになります。

残しておいてよい精霊は、数があり過ぎて答えようがないと思います。
当面、このサイトの評価で７以上の精霊は残すとして、残りはマナ用に使ってもいいと思います。
ただし、運営次第でL化すると大化けすることもありますので、一概に６．５以下が使えないというわけでもありません。
変わった能力の精霊は、将来使う可能性もあるので、残しておいた方が無難です。

という考え方で、私は遊んでいますが、残し過ぎてボックスは常にパンク状態です。
参考にならないとは思いますが、ご容赦ください。

すでにL化されれて、評価8.0以下はいりません。念のため一体かな。
まだL化されてなくてまだウィズセレで登場する精霊は一体、すでに入れ換えなどで消えてるSSは二体
保管庫（lv100で入手）があるならダブりは保管庫にしまいましょう。最近プレボのアプデがあったのでバンバン引いて大丈夫だと思います。

1 自分で判断できないなら全て取っておく。
経験を積んで、自分で判断できるようになったら、マナとして使いましょう。売却はもったいないです。

2 1と同じ理由で全て取っておく。

その他
クリスタルガチャを引く前に手持ちボックスをいっぱいにしておくと、引いた精霊は全てプレゼントボックスに送られます(上限なし)。必要なものだけ出して使いましょう。