被った精霊についてアドバイスをお願いします

火属性【グレイス】【エステル】
この2人は2体ずつ育てるのお勧めです。
エステル2体＋グレイスで、エステルのSPスキルが2回続けて使えるのは強力です（エステルSP→グレイスSP→エステルSP）。
このデッキの場合AS回復が充実しているので、グレイスは1体で充分かと。
残りの2枠はアタッカーや、クエスト内容に見合ったスキル持ちを入れるといいと思います。
しかしグレイスの状態異常回復と戦後回復はとても貴重で、高難易クエストでも重宝しますから、2体育てておいて損はありません。
インフレで現状ステが低めになってしまっていますが、今後のＬ化に期待して2体は育てておきたい精霊だと思います。

水属性は、どうしても2体！というものはありませんが、
【ハヅキ】は他に高火力アタッカーがいないなら、【イズロム】は鉄壁対策として、それぞれ2体あってもいいかもしれません。
【リィル】と【ソフィ】は基本的に1体でいいとは思いますが、魔道書などの敵が得意属性のみのクエストの高速周回用に複数いてもいいと思います。

雷属性も、どうしても2体というのはありませんが、強いて言うなら【セティエ】でしょうか。高難易クエストで遅延を複数回使いたい場面もあるので保険として2体育てておいてもいいかと。
ただ、最近のクエストはスキル反射の敵が多いので、全体遅延のセティエの使い処は限られることが多いのが現状です。
【エリアナ】と【エトワール】は、エトワールのSPスキルをなるべく使わずに（スキルを使うと火力が落ちる）エリアナを変換役として（スキルを使っても火力が極端に落ちない）組ませれば、火力の高い いいコンビになりますよ。1体ずついればいいと思います。
【リティカ】は性能的には1体でいいとは思いますが、龍属がマイナー種族なので、他に龍属がいないのであれば種族縛り用に複数育てておいてもいいかもしれません。

ドルキマスでとうとう『龍族のみ』『天使のみ』のサブクエが出てきました。種族縛りのために龍族、天使、神族、物質などのマイナー種族はなるべく複数温存しておくといいかもしれません。

現状SSの精霊も、今後Ｌ化で強力に化ける可能性を孕んでいるので、プレボで保管しておくといいと思いますよ。
近い将来プレボソートも実装されるようなので、上限の無い保管庫で保存しておいてＬ化の結果を見てから複数育てるか、ダブりで覚醒素材にするか決めればいいと思いますよ(^^)

ディートリヒイベントのサブクエを見る限り、種族縛りはきつくなりそうです
各属性の各種族で最低限のデッキを作れるようにした方がいいと感じています
特に天使や物質などは使える使えないにかかわらず、とりあえず5体は保持していてもいいかと思います（フル覚にせずとも）

私もようやく手持ちの新しい精霊の育成が終わり、2体目の育成を始めました。
使えそうなやつ以外は元々覚醒やマナとして使っているので3体以上所持しているのは元帥やルーシュなどしかないのですが、上記の中で自分が育てるならグレイス、シャルロッテ、ソフィ、リティカ、セティエ辺りからでしょうか。
後は属性縛りを考慮して自分が足りていない種族の2体目を作る感じです。
SSが被っても仕方ない精霊は育成する予定はありませんが必要になったら都度しようと思っています

私は使えると思った精霊は迷わず2体フルフルにします。

上記の中だと、グレイスやセティエ、リティカのような特殊スキルを持った精霊はデッキに２体いれて高難度クエストに挑戦することがありました。

既に図鑑埋めが済んでいるその他の精霊は、今後の進化に期待してプレボで放置しています。プレボソート機能も開発中みたいなので、無理に整理する必要もないと判断しています。

その中で複数育成した方がいい、とまで言えるのは
グレイス、リティカ、セティエ、エステル辺りまでかと思います。
どれもAS回復+特殊SSなので、特定のクエストであれば複数積んで活躍することもありますが、多くても2体で十分です。遅延が他にいればセティエは一体でもいいかも。
その他は
性能的に複数入れても困らないもの
イズロム、ハヅキ、（ソフィ、リィル）
使うのであれば複数積みが望ましいもの
テオドール、テスタメント、シャルロッテ、エリアナ＆エトワール
位でしょうか。水ばかりになってしまいましたが。
まだレジェンド解放されていない精霊やレアな種族、特殊なスキルの精霊については、餌にせずプレゼントボックス放置でいいと思います。