謎の素敵な箱を無くしちゃった

質問としてお答えします。

無くした箱は再入手は不可能です。
厳密に言えば、一定条件に従えば運営にお願いすれば補填してもらえる可能性はありますが、術士デッキ以外はあまりメリットはないので、無くても困ることはないと思います。

補填をお願いするなら、ヘルプの一般サポート窓口に相談すれば、１ユーザー一度に限り補填はしてもらえるようですが、全プレイ期間を通じて１枚のみですので、ここでその権利を行使するのはもったいないように思います。

ご自身も反省しておられるようですが、今後のためにも怪しげなアイテムが手に入った時は、お知らせを調べる→サイトで検索する→進化メニューのベースに入れてみる→結晶化メニューで結晶化が可能かどうか調べるなど、手を尽くされるのがいいかと思います。
進化合成メニューでは、レベルがMaxでなくても、進化素材が揃っていなくても、確認はできます。
進化素材が揃っていない時は、グレーアウトしている素材欄をタップすると、入手場所を教えてくれることがあります。

ちなみに、既に確認済みとは思いますが、ミッション報酬は一旦プレゼントボックスに入ってから取り出すという手順になりますので、それだけの手間をかけるということは何かがあると考えるようにされるといいでしょう。
お気を落とされないように、授業料だと思ってください。

かなり前ですが、似たような経験が私にもあります。
紛らわしい進化素材もありますからね。
でも、その経験のおかげでイベントノーマルを一周したところで、怪しい素材にロックをかける習性がつきました。プレボの素材も降ろして同様にしています。うっかりすると、10ページ以上埋没してしまい、探すのも大変になります。
今回の術士150upは魅力的ではありますが、致命的ではない結晶だと思います。これを教訓にするしかないかと思います。
プレボにフィルターかけて閲覧してはいないですよね？ 念のため。

なんか自虐の日記みたい。ここはＱ＆Ａなのに。

できませんね。
できたら複数枚作れる事とイコールなので
どの道一枚損してる計算です。

補填してもらうほどの結晶でもないような気しますが。