黒猫のウィズの回答詳細

友人と顔を突き合わせて自宅のwifiでやっていた時に同じ症状になりました。その後４Gに切り替えても同様の現象が起きました。通信環境の問題ではないと思いました。
そこで何がトリガーになっているか考えた所、SSおよびAS攻撃のターゲッティングの同期ずれが考えられます。
プレイヤーA（自分）,B（相方）がいるとします。
例えば敵が左中右といて、左の敵にAがSSを打つとします。その際、同時期に全体SSをBが打ちます。すると左の敵は全体SSで倒せたのでBの画面では消失しています。その後、Aの行動についてのデータがBに遅れて送られてきます。Bの画面にはAの攻撃があったというエフェクトが必要になります。しかし、左の敵は既にいません。Aの攻撃は処理できない。
左が全体SSのみで狩りきれた場合、AのSSは必要ではないので同期の必要性が薄れて処理がおかしくなるのかな。
多段魔術の副属性でのターゲッティングをした場合、対象が既に死んでいる場合ターゲッティングが自動でシフトするがその先も死んでいて、その次の候補が生き残っていた場合正しく攻撃がスライドするのかも疑問です。攻撃対象がズレて反映されると敵HPの同期ができなくなり互いに処理ができなくて固まる（フリーズ）が起きると思います。

解決策
声をかけてスキルを打つ、相手側の端末に正しく反映されるまで問題選択やスキルを控える。互いにスキルを打つ、問題に答えるを行うと敵を倒した時の処理がおかしくなる可能性があります。
特にトドメは両方ASで狩るか、片方のSSの反映がされるまでノータッチを貫くという制限をかけないと同期ずれの恐れがあります。

以前よりも同期ズレの改善はされました。
プレイヤーAのSS、プレイヤーBのSSの順、ASも先にプレイヤーA、そしてプレイヤーBの順にする事でAS,SS内でのターゲッティング対象の消失に対応。以前は各端末で好き勝手に行動していたのでこの手のフリーズが見かけられました。

しかし未だにトドメにおいて片方は敵が死んでいない、もう片方は敵が全滅している。攻撃対象が片方の端末だけ既に死んでいるという問題は残っています。
発生したら現状はもう切断しかないです。