黒猫のウィズの回答詳細

私がやっているのは

保管庫123は主属性火水雷の精霊
3月からは保管庫4を主属性光闇、相互進化(ヨビコやゼルプストなど主属性が替わる配布のみ))
保管庫5は戦力になりにくい報酬精霊と、出自の旧いイベントの限定精霊
(イベントで検索、「セレクション」「黄昏メアレス」「ロストエデン」「神竜)」という文字列を持っていれば限定報酬問わず機械的に放り込む)
保管庫6は戦力にならないが棄て難いもの(トロフィーやコナンコラボの証拠などw)

保管庫5はほんとうならこんなことはしたくないし、先日も状態異常無効精霊強化のコピシュを保管庫5から引き出すハメになったのですが。
既に限定精霊だけで900種を超えていますので、もはや限定全てを所持カード枠には置けません。

「限定精霊は引いたら必ず契約レベルを3プラス1ポイント以上にする」というルールを課しています。
無料ガチャから出る限定は全てLランクで出ます(AbyssCodeや神竜など例外はありますが最近は出てこない)ので、引いたときに契約レベルがレベル3ジャストなら未所持、そうでなければ被りとわかります。



それから、あらさんが書いていらっしゃる被りの管理ですが、レア度ではなく契約Lv.でソートすることで、同一の精霊はLランクであればさらなる進化解放を施しているか否かに関わらず並んで表示されます。
L未満(ガチャからSSランクで出たままなど)には対応できませんが…。
今回のご質問の要点はここかと思いますが、
・保管庫1つに収まるならそのままでもいいが、収まらないなら主属性別に保管庫を分けて
・契約Lv.でソートして3枚以上あるカードを目視で探す
と提案させていただきます。