同じ精霊が出たとき！

ものによっては複数積むのが面白い精霊もありますので、それぞれ判断しますね。
例えば、最近ではチュレを5体揃えた艦隊は低レベルのクエストの周回に便利などと言われています。

普通のルドヴィカはASの「リーダー時さらにアップ」が処分したくなる点ですね。
逆にとっておこうと思ってしまう魅力は潜在能力の底上げでしょうか。
しかしいずれにしてもデッキにエンハンス役を複数入れるなら他の巨砲を入れた方が理にかなうのではないか、という気がします。
よって私なら処分(マナプラスの種として使用)です。

リヴェータの場合もルドヴィカ同様潜在能力が魅力ではありながら、ASの特効は他の精霊にもっと強力なものがいるだろう、と思ってしまいます。
3T遅延は1回のクエストで何度も使うケースはあまり考えにくい、という印象もあります。
私も余っているのですが、これも処分(マナプラスの種として使用)です…と言いながら何も手をつけずに残っていますが。
放置しているけど枠に困っていないのでまだいいか、といった具合です。

機能的にはこんな感じでしょうか。
あとは趣味で発達段階それぞれでコレクションするという方もいらっしゃると思います。

さよならする。

結晶化の可能性があるので、プレボに放置です。マナは腐るほどあるので、マナにもしません。現時点でL化していないものは、L化より結晶化の可能性のほうが高いと思いますが、排出停止になってから長いものは古参優遇の意味でL化すると思います。

そのままにしておきなさい( ﾟДﾟ)
いつか限界突破とかでそう

私はとりあえず放置して、必要であれば進化、不要になったら売却、どちらでもない場合は保管庫に入れてます。
艦隊を作ってみようかと考えることもありますが、今、魔導書が足りないので…(ー_ー;)

キャラにもよりますが ○○艦隊というようなパーティも作ってみたいので
全部残しています。今は素材庫が開放されているので
所持できる枠が有り余ってるのもあります。

自分も複数は入れない人なので、ほとんどはエーテルかマナのどちらかになります。

図鑑埋めてないキャラは後々埋めるので放置
複数積みで使えるキャラも同じく
埋め済みで使い道のないキャラはマナ190まで圧縮しますね

放置しておいて、必要になったら育成します。

なんとなくとっておいています。
あとあと使えるかもしれないからです。
(チュレ艦隊みたいに)

自分も放置したままですねｗ
今はマナプラスの振り分けができてしまうので、よほどエーテルに困ってない限りは残しておく方がいいと思いますよ
もしくはサブクエで「○○の種族でのみ」てきなやつで足りなかったときに二枚運用とかもいいと思います　特に少ない種族の精霊などはそうした方がいいと思います
なのでもし強化素材や進化素材に困ってなければ育ててみてはいかかでしょうか？

複数所持が有りなら育てますがそれ以外だとマナにしちゃいますね。
結晶化を見越してとっておく方もいるようですが、ガチャ産精霊は結晶化しないようなことをニコ生で言っていた気がするので…(うろ覚えなのでもしするようでしたらすみません)

素材庫ができてプレボも大分すっきり出来てると思うので、気にならないのであればプレボの番人で良いのではないでしょうか。

プレボのものなら基本放置です。（マナは溢れる程あるので使い道ができるまでは無視します）
ボックスに入っているものなら育成する精霊の経験値の足し（マナもついでに）にしています（どうしても保管庫の影響でボックスが空き。ガチャ回すとボックスに入ってしまい困ってます）

入手した時点で使うなら育てる、使わないなら処分します。
私は未来の事を考えても無駄だと思っているので・・・
将来、さらに進化して強くなるかもしれませんが新精霊より強くなることはない。
結晶化することがあっても多弾魔術+300などになることもない。
って思ってるので・・・
ちなみに私が複数育てたのは旧アリエッタ、正月元帥やシェリル＆ランカくらいで98％くらいは処分してます。

実質放置します。
必要な精霊は2～3体持ちします。
クリネアさすがに5体とかいらないので放置してます。

私は、要らないものは殆ど売却するタイプです。保管庫に入ってるのも何枚かありますが、圧迫するので売却する予定です。

僕は変なポリシーがあって同一精霊を複数持たないことに決めてるので、
全部売却します。ほかの方の回答にあるように結晶化出来るようになる可能性もあるのでとっておいてもいいかも。
保管庫が解放されているならたぶんスカスカのはずなのでぶち込んでおいたらいいかもしれませんね。
僕は売却しますけど。