茶熊アイシャの武器について

スカルマグナは結構扱いが難しいので、モチーフは交換はした方がいいと思います！開始SP0などではスカルマグナだと不利になってしまうので、そういうの時にモチーフの方が便利です！

スカルマグナは双剣の扱いに慣れていないと難しい武器です。主に序盤の立ち回りとアサルトループができるかどうかですが。
また、スカルマグナが必要になるのは、主に今回の九条2協力などのボスラッシュ、煩悩やキンクラ2でのレイド協力、決戦クエスト、HELLクエスト(spの制限なしに限る)などの火力が必要になるクエストであり、それ以外だと餅武器の方が分があります。
アイシャ餅だとスカルマグナよりかは立ち回りやすいですし、即死回避もあるので耐久面も高いです。また、アイシャ餅自体もhp100%前提ではあるがオートで会心ダメ強化、即死回避、バフによる攻撃・移動速度・攻撃速度強化があるので、優秀な武器だと思います。

扱いやすさを基準とした回答が多いので別視点からの回答を。
スカルマグナをお勧めします。
理由としては、この質問をする時点で、アイシャを使おうという意思が伺えます。ですから、スカル運用は扱いづらいとかは気にしなくていいと思います。使って慣れればいいだけです。
さらに、茶熊アイシャは実装されてからかなり時間が経っています。
今後のことを考えると餅武器では火力不足でしょう(現時点でも怪しい)。サポートができるわけでもないですし、火力貢献するためにスカル一択になるのは目に見えています。
色々言いましたが、そもそも交換に使用するリソースが別物ですので余裕があるのであればどちらも手中に収めておくのも有りだと思います。