潜在結晶について。

潜在結晶化
を、選択して
ベースボス
を、セットして、右側に現れるのが、
出来上がる、潜在結晶です

通常の進化だと、手持ちからの進化素材が
表示されますので、見間違えそうですが、
あくまでも、何が出来るか表示です

誤解されているようですが、精霊を潜在結晶化するということは、合成ではなく、精霊を分解して潜在結晶にしてしまう（厳密には違いますが、イメージとしてです）ということです。
結晶化するときは、ベースになる精霊本体しか見ていないので、その精霊にマナプラスが付いていようが、潜在結晶が付いていようが、生成される結晶が変わるわけではありません。
最悪の場合、潜在結晶を付けた精霊を結晶化したときに、付けている結晶が消失する可能性があります。
怖くて実験できません。悪しからず。

なお、他の回答からの受け売りですが、素材庫への自動振り分けを［ＯＮ］にしていても素材庫には入らず、通常ボックスに入るようです。
［属性］フィルタを［強化進化素材］に設定して探してみてください。

このサイトに結晶化について詳しく書かれています。
それはちゃんと読みましたか？読めば理解できるはずです。
ヴェルタ15-4のボスを結晶化すると攻撃力アップ100×3枚と書かれてます。
結晶化したのなら素材庫に攻撃力アップ100が3枚増えているはずです。

アユタラのボス3体だと、水パネブA、HPアップA×2、HPアップA×3です。
ヴェルタのボスは、攻撃力アップA×3なので、300アップではなく100アップが3つです。

というか、このサイトの「結晶化が可能な精霊一覧」で確認出来ますよ？