攻略したメインクエスト数…あと一つ

私が集計したものを添付します
もし入力ミスしてたら御免なさい！！

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ストーリー部分も数に入っていると思いますので未読がないか確認してみてはどうでしょうか

クルイサのシークレット
クエス＝アリアスの1～9ステージ（7は除く）

１つずつ確認した後の質問かとは思いますが、再度確認するほか手はないかと思います。

自分は810なので確認できないのですが、素材エリア「智慧を宿す森」のストーリー部分はどうでしょうか？

可能ならば
以下をテキストファイルにコピペしてcsvファイルで書き出してexcelで読み込んでください
↓↓↓
,ｽﾃｰｼﾞ数,1,,2,,3,,4,,5,,6,,7,,8,,9,,10,,11,,12,,13,,14,,15,,16,,17,,18,,ｼｰｸﾚｯﾄ,,
港町トルリッカ,10,3,,3,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,-,,-,,-,,-,,-,,-,,-,,-,,-,,
王都ウィリトナ,10,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,-,,-,,-,,-,,-,,-,,-,,-,,-,,
森の村ラリドン,15,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,-,,-,,-,,-,,
水の都アイヴィアス,15,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,-,,-,,-,,-,,
魔道都市サイオーン,15,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,-,,-,,-,,-,,
城壁の街ロレンツィオ,15,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,-,,-,,-,,-,,
風の郷オゥランディ,15,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,-,,-,,-,,-,,
火口の遺跡アユ・タラ,15,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,-,,-,,-,,-,,
雪降る町ヴェルタ,15,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,-,,-,,-,,6,,
中央本部ノクトニアポリス,17,4,,4,,4,,4,,4,,5,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,-,,1,,
異端の街クルイサ,15,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,-,,-,,-,,1,2,
太陽と月の国カムシーナ,18,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,5,,
門の秘境ウルドラ,15,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,4,,-,,-,,-,,1,,
すべての始まりクエス＝アリアス,8,2,1,3,1,3,2,2,2,2,2,1,2,2,,7,1,0,1,-,,-,,-,,-,,-,,-,,-,,-,,-,,1,,
,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,810
↑↑↑

これは該当するかわかりませんが、常設クエスト内のエリア14前日譚はどうでしょうか。

君の本（メインストーリー）の表示や総集編1，2はどうなっていますでしょうか。
それかグランドフィナーレ関係とか

過去に、シークレットも全てクリアしたとの自己申告の結果、実は一部のシークレットをクリアしてなかったという事例がありました。なんらかの錯誤を疑っています:
https://gamewith.jp/kuronekowiz/questions/show/292164

>シークレットは全てClear

そのClearマークがついているアイコンをタップして、中身が全てClearまたはCompleteになってることを確認してみてください。黒ウィズのディレクトリアイコンのバッジは、ちょいちょい嘘をつくので。
ちがったら、ごめんなさい。

シークレット以外はクリアしないと先に進めないと思うので、ヴェルタ、ノクトニアポリス、クルイサ、カムシーナのシークレットはクリアしていますか？