強化合成のやり方次第で、最終的なステータスに違いは無いのでしょうか？

各精霊のLvMAX時のステータスは一緒です。

ただし、一部の精霊は進化に伴い種族が変わるものがいます。この精霊にいつマナプラスを付与するかによって違いが出てきます。

例えば八百万4の紬姫はSとSS状態だと術士ですが最終進化で神族となります。術士の段階で術士マナ、神族の段階で神族マナを付与することでマナ+600とすることができると聞いた事があります。（私は進化前に術士マナ付与しなかったので証拠のスクショは出せませんが）

このような精霊は他には八百万4ミコトやプラチナセレクションのヒルデなどがいます。現在開催中のラビリンスの報酬であるチビキャラ集合のカードも進化前は物質で進化後は戦士となります。
ただし物質対応のマナプラスが現状ではないのでチビキャラ集合は+600には出来ませんが。

最終ステータスは、全く変わりません。
唯一の違いはゴールドの消費量です。
ワンポイントアドバイスでウィズも言っているように、一気にMAXまで強化すると、消費するゴールドが少なくてすみます。

ゴールドに余裕があるときは、分割して進化すると、ステップが減らせることがありますし、低ランク素材や雑魚敵の処理もできます。

ご承知のように、強化素材は最大８枚までしかセットできません。
大きな素材があればいいのですが、小さな素材、特にAやA+,エーテルなどは使いどころがありませんので、精霊のランクが低いうちに使うことになりますから、どうしても段階的な覚醒になります。

手持ちのゴールドや素材と相談しながら、一気にでも段階的にでも、強化・覚醒をされれば良いと思います。

最終的なステータスは同じです、違いはありません。