ドクロ種の倒し方

ドクロ種はステルス時以外の時に魔導師で攻撃してもダメージを与えることはできません。
ここのサイトの攻略記事にも書いてありますが、魔導師で攻撃する時のタイミングとしては敵が見えなくなり、ステルス状態になった時です。うまくスキルを当てることができたならば高いダメージを期待できます。

ただ、協力だと味方とスキルを使うタイミングが重なってしまいステルス状態を解除されてしまったりもしてSPが無駄になってしまうこともままありますので、炙り出しを狙い通常攻撃を撃ち、後は味方に任せるというのが一番楽だと思います。

魔導師やヴァリアント(変身前)の攻撃は消えている間にしか通りません。

消えている時、攻撃が通らない時は爆弾を使って気絶させる事が出来ます。
花嫁協力星12では画面の右側に爆弾のボタンがありますので、攻撃が通らない時は爆弾ボタンを連打してドクロのすぐそばで爆発させています。連続で押す事で素早く爆発させる事ができます。爆発でドクロが一瞬気絶しますので、その隙に攻撃を展開します。
ただこの爆弾ボタンはヴァリアントだと変身前にしか押せないので注意です。

また、多段攻撃が出来るキャラ(ヴィヴィ、メイリン、ツキミなどのビーム)のスキルを撃ち込んでいる間はドクロが消える事が無いので、味方で囲んでガンガン撃ち続けると倒しやすいです。
爆弾→SP回収→爆弾→スキル
こんな感じでしょうか。