ストーリーの順番について

以下の順で読むのが良いと思います。ほとんど実装順に並べているだけですがそれが一番間違いないです。

1~11章、ダグラスイベ1~3
　　↓
・3周年
ゼロクロニクル
　　↓
　12章
　　↓
・4周年
蒼き炎のテンペスト→とらぶるトラベラー→亡國のツバサ→カオスエンブリオ→ワールドエンド
　　↓
　13章
　　↓
・5周年
覇戦のレガリア→ダークラグナロク
　　↓
　14章
　　↓
・6周年
グラビティホライゾン→ラナウェイホライゾン→エクステンドホライゾン→クライシスホライゾン→オリジナルホライゾン


以下のQ&Aも参考になると思うのでぜひご覧ください。
https://gamewith.jp/shironeko/questions/show/274552

周年に関わるイベントは出来ればやっておく事をオススメします。
ゼロクロニクル、ワールドエンド等。
例を挙げると、温泉物語では６島で関わるセオリが入手可能で、１と２の配布要素を合わせる事で強化出来ます。
後、イベント関連で復刻されたりルーンメモリーで無料開放されるものもやると楽しめると思いますよ！

個人的にですが、メインストーリーにきちんと関わってるのはダグラスシリーズ（1～3)、3周年ZC、6周年ホライゾンシリーズくらいだと思ってます。
5周年DR系列は関係あるんですが唐突過ぎてちょっと微妙、4周年WE系列はメインとは独立してる感じが強い印象ですね。ストーリーは面白いし、タウン的にもおすすめなんですが。他のイベントも特に関係してない気もします。

あとまだ14島をやってないなら先にZCをやることをお勧めします。理由は14島の主役であるバールをZCでより詳しく語ってくれるからです。

というわけで
ダグラス1～3→三周年ZC→14島→6周年ホライゾン
が良いと思います。ちょうど実装順ですね。ホライゾンは現在ルーンメモリーにないんで、おそらく来年あたりになりますが・・・

ダグラスFINALはダグラスシリーズのまとめという趣なので気になったらやる感じでいいと思います。