ガチャ限（A,S聖霊）で艦隊・・・

サポート寄りのAS/SS精霊は基本的に複数積みする意味は無いので
5枚艦隊はアタッカーがメインになると思われます。
また基本的にどんなカードも3枚残しておけば殆ど困ることは無いので、まずはサポート寄り・4枚以上重複を基準に整理されてはいかがでしょうか。
私がガチャ産で5枚艦隊を揃えているのは、特定環境で滅法強いキュウマやオロチ、周回用のラエド、チュレ、パイロン、ジグムントの6種類ですね。ジグムントは無くても良いと思います(殆ど趣味の領域なので)
勿論、今後の進化先追加等で有用カードは変わる可能性がありますので、そこは自己責任での判断をお願いします。

ご質問とはズレてしまいますが、ガチャ精霊がボックスを圧迫するのを防ぐために、メイトガチャを引いて必ずBOXをいっぱいにしてから引くことをおすすめします。
プレボに入っているぶんには、何枚あっても邪魔にはなりません。
自分はそうしていますので、今後は良かったら、ぜひ。
（この前は、プレボをあさったらキュウマ５枚発見して、とても役に立ちました）

図鑑をめくるのが面倒なので、個別の精霊については他の方の回答をご参照ください。
そもそも艦隊デッキは特殊な使い方なので、ここでは複数使用の可否について書かせていただきます。
ＡＳについては、累積して効果が出る場合が多いので、ここではＳＳについて考えます。

一般論として、重ねがけが可能な精霊は複数使用が可能です。
上書き及び重ねがけ不可な精霊のうち、相手（敵）を対象とする場合は、ステージが変われば複数使用が可能です。
重ねがけ不可の精霊で自軍精霊を対象とする場合は、効果が切れた時点で発動が可能です。

個人的に、重ねがけの可否として理解しているのは、以下のとおりです。

可能
大魔術、犠牲魔術、特効大魔術、多段魔術、斬撃大魔術、反動大魔術、回復、状態異常回復、蘇生(注1）、ステータスアップ、割合削り、見破り、スキルコピー
(注1：対象精霊がいない時は不可)

上書き
継続回復、状態異常無効、起死回生、ダメージ強化、ブースト、精霊強化、毒、ガード（軽減）、ダメージブロック、パネル変換、シャッフル、カウンター、チェインガード

不可能
遅延大魔術、効果解除大魔術(注2)、スキルチャージ、遅延、鉄壁・極、無に還す瞳(注2)
(注2：単体を対象にする場合は、別の敵を対象にすることは可能)

未検証
残撃大魔術、時限大魔術、効果解除、挑発、AS発動時間延長

重ねがけが可能な精霊は複数使用の可能性があります。
重ねがけ不可能及び上書きの精霊でも、特に希少なスキルを持っている精霊は、回し使い用として２～３体の使用が有効なことがあります。
これらのことと、ＨＰや攻撃力を考慮して整理されたらいかがでしょうか？
もちろん、ASが自軍全体のステータスアップに寄与する場合は、SSが何であっても複数使用の効果が出る場合があります。

ジグムントやキュウマなどは、通常クエストでは見向きもされませんでしたが、高難度クエストがリリースされたおかげでスポットが当てられました。
このように、将来リリースされるクエストや協力プレイで急に能力が発揮される精霊がいる可能性が無いとは言えません。
これだけは運営ですら予測はつかないと思います。

少なくとも現在のシステムでは、デッキの最大数が５体なので、６体以上残す理由はありません。
不安に思われたら、保管庫とプレゼントボックスを使い分けながら、５体はキープしておくこともお考え下さい。

余談ですが、不要とはいえ売却はお勧めしません。
ガチャ精霊は１０のマナと一定の経験値を持っていますので、不要と判断されたのであれば、適当に強化合成してまとめてしまい、必要な精霊の強化素材として使用すれば、持っているマナをベース精霊に引き継げます（ただし、最大２００マナまで）
ゴールドにお困りであれば別ですが、ゴールドに余裕があれば強化素材として活用されてはいかがでしょうか？

長文失礼しました。
（重ねがけの可否については個人的な解釈なので、誤りがある場合は補足をお願いします）

既出のチュレと同じタイプでパイロンもあります。
あとはジグムント艦隊辺りでしょうか？
いずれもメジャーどころですが、それなりに使い道があります。

自分はチュレが素材集めの周回に役立ってますね。

また質問とは異なりますがガチャを回す前にボックスをあらかじめマックスにしておくとガチャでゲットした精霊はプレゼントボックスに送られますよ。既にやっているようでしたら申し訳ありません。