３つ質問です

グラフ上げるにはひたすら正答するしかないです
二つ目に関してはオゥランディ辺りは三色が嫌な場面で結構出てくる感じですかね(難易度は回復3積みでソフィ2枚なら余裕なはず)
宝箱はここのQ&Aでグラフに関係してるってのを見た記憶があります

回答の内容はFohnさんが答えていらっしゃるので割愛させて頂きます。

補足的なことですが、道中の並べ替え問題はイベントの時には強化素材や、イベント精霊対象の潜在能力開放素材などのレアアイテムを収集できるクイズなので、できれば問題パターンを憶えておくためにもなるべく解いてゆかれるといいと思いますょ(^^)

よけいなお世話でしたらごめんなさい(><)

1 クイズに正解するしかありません。
2 三色問題を集めているサイトがあるので、予習しましょう。
3 グラフに影響します。
参考です。
https://黒猫のウィズ.gamewith.jp/questions/show/60640

グラフの上げ方
トルリッカ1-1をシャッフル艦隊でクリアせずひたすら解く（自分は200問以上連続正解しました）。
ただ、どれだけやり込まれているかは不明ですがある程度のやり込み（魔道杯1位回数が1500回とか）になるとグラフはほぼ動かないような気がします。

三色
これは簡単な所では出なかったり出にくくしてあるようです（クエストの難易度で2色3色を設定？できるようです）。
ジェニファーイベントの最上級が2色3色だらけでした。
今現在で思い当たるのはアユタラ15-4ではないでしょうか。
クエスト難易度は難しいですが、全滅するまで3色をひたすら解き、全滅寸前で画面長押しリセット（左下のリタイアではありません）するとそのクエストの正解不正解はグラフに反映されないと聞きました。
またご存知かと思いますが、この長押しリセットはトーナメントで使用すると魔力はもちろん普通に減りますが段位が落ちません。全滅すると使えないので、全滅寸前で行って下さい。

宝箱
少し前からいやらしい新問題が増えましたね。
他の方も書かれていますが実は道中の宝箱もグラフに影響します。
いくら通常の問題をカンペキに答えていても宝箱を正解しないとグラフはへこんでいきます。難しいのは別として、簡単なのやゴロ合わせできるものもあるので頑張って回答してください。

ですので私はいかなる場合もリタイアは使わず、画面長押しでリセットすることをクセづけています。

長文失礼しました。

簡単にグラフをあげるには、協力バトルに参加しまくるのがいいと思います。わかる人が先に答えてくれますからね。

・グラフの上げ方
気にしすぎてるといくらでも気になります。まずはグラフの事は忘れて好きなジャンルを作ってください。好きなジャンルから解き始めると自然に覚えて自然にグラフ大きくなります
・3色
問題はよく入れ替わるので(最近クリケットワールドカップ問題見ないですね)無理して覚える必要ないです。単色の正解率をあげましょう。3色に手を伸ばすのは得意分野だけでいいです。全てをいっぺんにしても何も得られませんよ。
・宝箱
グラフに影響するって初めて知りました。
バナナがTや味串等面白い語呂合わせあるのと、
並び替えは最悪ホームボタン押せば時間止まるのでその場で調べてください。

失礼ですが、経験された場数が解りませんので、違ってたら申し訳ありません。
グラフがスカスカになっているというのは、回答数（挑戦数）が少ないからではありませんか?
初期の、クイズに不慣れな時期は、凡ミスも含めて誤答が多い傾向があります。
例えば10問挑戦して、5問間違えたら正解率は50%ですよね。
でも、100問やって50問間違えることは、ほとんどありません。
クイズに慣れてくると、誤答率が減ってくるので、初期の誤答数は、平均化されて埋もれていきます。
私のグラフはご覧のとおりですが、そのうちギャップも狭くなると信じています。
でも、ゲームはちゃんと遊べているので、ギャップの広さは気にしなくていいと思います。

最初のご質問の、グラフのギャップを狭めようとするなら、単色問題を優先されるのが良いと思います。
あと、見破りを連れていくのもいいですが、心眼をお持ちでしたら、一緒に連れていかれたらいいと思います。
万能ではありませんが、少なくとも地雷を回避する役には立つと思います。

二つ目のご質問にある、3色問題に挑戦するのは、知識を深める点では良いことですが、最初の質問と相反していませんか？
ほとんどの人は、問題の色数が増えるにしたがって、正答率は減ります。
生で積極的に3色問題に挑戦するというのは、誤答数を増やすことに繋がります。
先ほども言ったように、挑戦数が少ないほど、1問の誤答が正解率（＝グラフ）に大きく影響します。
見破り艦隊でもあれば別ですが、１~２体の見破りが居ても、三色問題に囲まれてしまっては、太刀打ちできないでしょう。
何千問と解いたうえでの数問の誤答は大したことはありませんが、グラフを気にされるのであれば、3色問題は極力避けるのが賢明かと思います。
もちろん、今後の肥やしのために今のグラフは気にしないというのであれば、止め立てはしませんが。

最後の宝箱は他の方が答えられている通りですので、「解いたほうがいい」のではなく、全力で正解するよう頑張ってください。

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皆さん回答しておられるように
グラフは正解するしか上げれないかと思います
今はレイドが魔力消費無いのでお勧めです
後、途中の宝箱の問題は4択にもたまに出てくるので
覚えて損はないと思いますよ（今は解答も出ますしね）

私自身あまりグラフを気にしていないので
（クエストによっては誤答して時間短縮する場合もあるので）
主様もあまり過度に気にされないよう
楽しむ事優先でお互い頑張りましょう

分かります…グラフつらいですね…私も見破り部隊がいます。
特効と見破り4（2～5ターンまで各1）で学習とグラフ補正してます。
見破り三人にサルームかノインいればなんとかなりますね。
先の２問ですが正答率はひたすら正解していくしかありません。なので上記２名がいない、尚且つ正解する自信がなく最悪全て見破れない場合は問題を覚えるために三色問題が多く出てくるところに挑戦するのは避けた方が無難です。
まずは素材狩りで徐々に難易度を上げる方が楽だと思います。
そして宝箱ですが普段こそ良い物は入っていませんがイベントでとても良い物が出現します。それこそ問題を覚えるために解いた方が良いです。