ガチャハズレ等について

私は貧乏性なので、基本的にすべて残しています（手持ち・保管庫とも上限までで拡張しています）。
また、Ｓ＋以下でもＳＳ・Ｌ化の可能性があるので、後悔しないようにという理由もあります（ラムダをＳＳ化直前に処分して後悔しました）。

クリスタルガチャはestimateさんが記載しているとおり、手持ちをメイトガチャや保管庫からの移動で埋めてから回すと、プレゼントボックスに送られるので、手持ち内でのダブりはありません（ダブりは、複数運用したもの・する可能性のありそうなものだけです）。
ただ、使わないものでも図鑑埋めのために1枚は最終進化させています。

図鑑報酬はクリスタルも多くおいしいので、使わないものでも最終進化させることをおすすめします。

個人的な考えではありますが、どんなゴミであってもクリスタルガチャのいらないカードを売却するというのはありえません。
全てのカードはマナを持っていますし、初期のLv10でも良い感じの餌になってくれます。また、最終進化S以上ならばイベ雑魚の寄せ集めやS魔導書1つを食わせることで経験値タンクになってくれます。

僕は要らない精霊でも1体は最終進化まで持っていき、そのまま放置します。たまにそういう放置していた精霊(ドルキマスのためのアルビオンが良い例)が必要になることもあるので、その都度育成する感じです。
とりあえず1体は作る一番の理由はやはりL化待ちです。どの精霊がどんな化け方をするか分かりませんからね・・・。
しかし、魔導杯やイベの下位報酬の場合、個性が光るものでなければ餌にしてしまうこともあります。

・クリスタルガチャ
手持ちを埋めてからガチャをするとプレゼントボックスに貯まるので、基本的に手持ちに使わない精霊がいると言う事は少ないです。
本当に使わない場合は最終進化させて保管庫orマナです。
それでも一応、1体くらいは保管庫にはいますね。

・イベント
出来る限り保管庫押し込みですが、本当に使わない場合は最終進化させてエサです。(特に封級までの精霊)