プレボ・クリスタルがいっぱいになることはありますか？

1,満杯になることはないようです。プレボソート早く実装してほしいですね。
2,プレボ内での制限はありません。手持ちだと999個まで所持できますよ。ただしクリスタルを購入する場合ですと手持ち999個を超えて所持が可能です。
3,今はメイトガチャを回すことがほとんどないため応援は全然していません。黒ウィズクイズやログインボーナスなどで自然と増えますしね。

1については既に回答がありますので
2について：クリスタル所持数は5桁まで確認されています。6桁は未確認と言うかそこまで爆買いする人は見たことがありません。
3について：3マナが欲しいので頻繁に応援してます。

１　今のところ上限はありません。４桁にも対応しています。

２　プレボから受け取る場合は999が上限です。購入に関しては4桁に対応しています。販売機会の逸失につながるので、おそらく5桁にも対応しているでしょう。

３　以前は時間を気にして応援していましたが、最近は気が向いたらする感じです。10ページあるので時間がかかること、報酬などでメイトが常時上限に近いこと、が理由です。本当はマナ調整用にどんどん回した方がいいと思っていますが。

1.に関して
ありません。
4桁以上存在します。

2.に関して
可能ですが、1000個以上貯めるとプレボからクリスタルが引き出せなくなったかと。

3.に関して
始めたばかりの頃は暇が多かったことや、レイドがなく魔力回復量が少なく最大値も少ない、そしてクエストの魔力消費量も多いということがありメイトガチャの相対的価値が高かったため、気づいたらすぐにしていました。
今は一日1回2回で、しないことも結構あります。