ダブりカードの処理について

手持ち次第としか言えないですね。
ミクガチャはSSでもどれもある程度は使えると思いますが、手持ちが充実しているのであれば、使用頻度は多くはないでしょう。

一番複数運用しやすいのはアタッカーですね。
アタッカーが不足気味であれば、アタッカー系の精霊はとりあえず複数持っていてもいいのではないでしょうか。

私は25種類全部コンプできましたが、やはりSS精霊は図鑑埋めがメインであまり使わない感じです。
使っても特殊スキル持ちだと思いますが、起死回生のような特殊スキルというのはそもそもすべてのクエストで必要ではありませんので、持っていることが重要といった感じになります。

今回はSSでも使えるものが多いですが、高難易度のクエストに連れて行くには最終進化SSではステータスがやや心許ないので、複数運用となるとちょっと微妙なところですね。
起死回生やダメブロも貴重なスキルですが、現状複数デッキに組み込む機会はほぼないでしょう。
複数運用する可能性があるとすれば、水戦士の2体と複属性連撃、雷の状態異常回復あたりだと思いますが、どれも上位互換といえる精霊（新アウラ・ヤチヨ・旧アリエッタ・他の雷状態異常回復等）が存在しますので、それらを所持しているなら2体使用する機会はあまりなさそうです。
他の方々も書かれているように、手持ちと相談して使う機会がありそうなものは2体目を残しておくのが良いかと思います。

今回の最終SSでは、猫ミクとミク＆リンは2,3枚残しておくつもりです。
猫ミクは単純に高速周回用。私みたいにアスモを持っていないなら多分使えます。猫、猫、ヴィヴィ、アカリ、レウィスで素材クエストはサクサクかも。
ミクリンはオウランディ等の「○問連続正解」で連れて行きます。アタッカー中心構成だとすぐに敵が死んでしまうので、回復見破りは便利じゃないかなーと思うのです。

｢Toshifu｣さんのお手持ち次第かと思います。
私の場合は、ミクガチャ１２０連回してAスタートも結構ダブりましたが、現在まで２年近くそれなりに課金してきましたので手持ちがそこそこ揃ってますし、２体目以降は全て合成しました。
お手持ち次第ですが２体目を残すとすれば、SSが起死回生・状態異常無効・状態異常回復・遅延・見破り等は他に持ってないのであれば残しておくのが無難かと思います。
(今後、必要になった時に育てる感じで)