選別してください

手持ちボックスがいっぱいになりそうだから整理したい、というところでしょうか。できれば拡張したする方が望ましいです。
デッキ構成の際、アタッカーは複数積みの運用が可能です。ルフ・オデット・ルミィが該当ですが、ルフ・オデットは属性特効なので、まとめてもいいと思います。

ただ、ルフ・オデット含め、ヘルミーナ、コポポル、エーファ、アンジュ、オルハ、メーベルとL化未済な精霊ばかりのため、まとめてしまうと後悔するかもしれません。
現状で考えれば、2体あるものはまとめて覚醒させる、エーファ、アンジュは放置の方向で良いのですが。

育成ですが、イベント・ストーリーに使うとしてデッキ構成を考えると
攻撃２　回復２　その他１
ぐらいがバランスよくなります。
攻撃がルミィ、リンリン＆ポンタンorヘルミーナorコポポルorエトワール、回復がオルハ・セニアで、エンハンサーとしてラーミナか、変換役としてヒカリをいれるといったところでしょうか。
コポポル非減衰全体攻撃なので雑魚が多く出るときやトーナメントで活躍の場があるかもしれません。メーベルは連撃なのでルミィと同じ使い方になるでしょう。
セニアはL化すると術士デッキ用のヒーラーになってしまうので、いったんは
エトワール　ルミィ　オルハ　セニア　ラーミナ
でいいと思います。
初期段階であればセニアoutヒカリinで攻撃を増やし、ストーリーを進めるのもいいですね。

というわけで、育成順としてとりあえず
１　オルハ
２　ルミィ
３　エトワール
４　ヒカリ
５　ラーミナ
と言ったところでしょうか。

いらない精霊については、上述のとおり今捨ててしまうのは後悔の元になりそうなので、できれば保管しておきたいところです。ゲームになれて余裕がでてきたら図鑑を埋めてから破棄したいですね（図鑑埋めすると報酬があります）。

その他
クリスタルガチャを回すときは、手持ちボックスをメイトガチャ等でいっぱいにしてから回しましょう。プレゼントボックスに送られるので、手持ちの圧迫をある程度は防げます。

最近は不要なカードでもL進化で使えるようになったりするパターンがあるので、捨てることは極力避けるようにすべきです。但しその中には複数枚運用すべき精霊はいないので、2枚以上あるものについては潜在能力の開放に使って1枚にまとめてしまうのは構わないと思います。
オルハ、ルフ、ラーミナ辺りは最終進化させなくてもそれなりに強いのでその辺りから育てるといいでしょう。