サタ女1のノーマルシークレットについて

画像が無いので最終の結晶かはわかりませんが、結晶になっていれば装備はできるはずです。
方法は二通り。

ひとつは、強化合成画面で装備したい精霊をベースにして強化素材に結晶を入れる方法です。
元々は、潜在結晶は強化合成で装備していました。
システムが改良されてから、素材庫からデッキ精霊に装備できるようになりましたが、強化合成でも装備できます。

もうひとつは、一旦素材庫に入れる方法です。
成績表がちゃんと最終進化で結晶になっていれば、素材庫メニューで素材庫に入れることができます。
素材庫に入れてしまえば、強化合成でもデッキ編成画面でも慣れた方で装備できます。

結晶が素材庫に入らなかった原因は、素材庫自動送りがオフになっていたのではないでしょうか？
以上の方法で装備できないとすれば、最終の結晶化が出来ていないか、おっしゃるとおり不具合の可能性も考えられます。
とはいえ、そういった不具合のことは聞いていないので、もし不具合であればプレイヤー固有の問題なのかもしれません。

イベントで手に入る強化素材などを利用して作る一部の特殊な潜在結晶(覇眼、光･闇チョコ、アドヴェリ、ゾラス等)は、基本的に作った後に素材庫に入らずそのまま所持カードとして残ります。

手動で素材庫に入れ直してデッキ画面から装備するか、強化合成から付けたい精霊につけてください。

参考Q&A
▶https://gamewith.jp/kuronekowiz/questions/show/236661