ガチャの被りについて

方法は色々あります。
①艦隊を組む。
特定の精霊は5体揃えると便利なものがあります(通称:艦隊)。パッと思いつくのは、大魔術艦隊(パイロン・チュレ・ラエド)、ジグムント、キュウマ辺りでしょうか？
②複数運用のため確保(という名の保留w)
③潜在能力の覚醒
④売却

基本的に③④は取り返しがつかないんで保管庫も駆使して最終手段として避けた方が良いかと。

あと、被りで一番困るのはカード上限の問題だと思います。すでにご存知かもしれませんが、カード上限一杯まで手持ちを持った状態でクリスタルガチャを引くと獲得した精霊はプレゼントボックスに保管されます。プレゼントボックスには現状上限がありませんので、これだけで手持ちにはかなり余裕ができます。

黒ウィズの場合、イベントを欠かさずにやるとボックス容量がどんどん上がって行くので、いつか進化することを祈って取っておくといいかもですね。

もしボックス容量が足りなくなることがあるのであれば、ガチャを引く際以下の方法をお使い下さい。
①雑魚キャラなどでボックスを埋める。
②クリスタルガチャを引くと全てプレゼントボックス行きになる
③必要なキャラだけ受け取って育成する

こうすることで、ボックス容量を使わずにキャラを保管することができます。今は複数要らないキャラも取っておけるのでオススメです。
そういうわけで、私の場合は被ったとしてもガチャ産は全て保管してますね。弱いキャラが6体以上いてもしょうがないとは思いつつもつい取っておいてしまいますね(￣▽￣;)

トナメ向け精霊の例ですが前回のイベ覇で余ってた精霊が活躍してくれました。
ファストを全開にせずにL化煌眼覚醒のタイミングをずらしたことで自傷キャラのHP調整がハマった形です。
今後どんな精霊や結晶が登場するかわからないですし、L化のタイミングが異なるタイプとして使えたらラッキー程度の感覚で手を付けずに放っておくのも有りかと思います。

こんにちは(*´～｀*)
大体の内容は他の回答者さんと似たようなものになります( ;´･ω･`)
被った精霊は売却や同種合成は僕は今のところ絶対にやりません。いつどんな神進化がくるかわからないし、同種合成以外の進化・合成方法を開発してくるか分からないからです。つまり今後違う使い道が出てくるかもしれないということです(*´～｀*)
以下は僕がやっている保管のやり方です↓↓↓
1、ボックスを一杯にしてからガチャる
2、ガチャが終ったらボックスに不要な精霊は保管庫に移して、プレゼントボックスから必要な精霊をボックスにおろす。
3、再びガチャる時は保管庫の精霊をまたボックスに下ろしてボックスを一杯にしてからガチャをする。
です(*´～｀*)
そうすればプレゼントボックスに上限が今のところないので永久に精霊を売却することなく保管できます☆
またラエドの他に水精霊のチュレ、火精霊のパイロンも同じスキル構成なので、それぞれ5体Lにすると進化素材や魔道書の上級(もしくは封魔級も？)ならスキルをポチポチするだけで終わるので、素材集めが捗ります(* ´ ▽ ` *)

好きにすれば良いと思います。
このゲームは限界突破システムが無いので、複数持つ理由が薄いです。
なお、異常回復スキル等は有用なスキルなので、手持ちが少ないなら複数持つ価値はあります（戦闘に出せるステータスを持っていたらの話ですが）。

余談ですが、
過去のニコ生でゲストが運営へ、被った精霊についての要望（有効活用とか救済とか）を出していました。

明らかに複数持つ必要がない（通常グレイスなど）は合成の餌&マナ+10として、
複数持っても使い道があるようなのはとりあえず置いておくか、進化及び強化して使ってみるのはどうでしょうか