黒猫のウィズの回答詳細

読んでいてわからないのが「一旦アマネにつけてその後取り外そうとしたところ、boxに表示されていないことに気がつきました」
この【box】ってどこですか?
所持カード枠でしょうか、素材庫でしょうか、それともアマネの結晶スロットでしょうか。

所持カード枠なら、そこに無くて当然です。
アマネの結晶スロットなら、アマネにつけたというのが勘違い(載せた後、最後に決定ボタンを押さなかったのでついていない等)が疑われます。

素材庫に表示されていないのだとして、グレーアウトして数量がゼロになっているのか、アイコン自体が無いのか、どちらでしょう。
「boxに表示されていないことに気がつきました」というその「表示されていない状態」の画像は無いのでしょうか?
グレーアウトしているのであれば、潜在結晶自体か、潜在結晶を装備した精霊が保管庫にあることが考えられます。
アイコンが無い場合はフィルタがかかっていることが考えられます。
属性を絞っているとか、名前で絞っているとかです。
特に、所持カード枠で精霊を探そうとして名前で絞り込んだ直後等、素材庫タブを選択していても絞り込みはそのままなので、一致しない名前の潜在結晶は表示されません。
添付された画像が、あなたが問題発生と認識した後に撮られたものなのであれば、十中八九フィルタが理由だと思います。

「〈光のチョコレート〉も消えていることが分かりました(精霊には装備されてました)」をどう確認されたのか、精霊がどこにあるのか、もわかりませんが。

以上でお役に立ちますでしょうか。