潜在結晶が表示されないことについて

他の方々の回答でお試しだと思いますが、基本を少し復習してみます。
まず、結晶が存在できる場所はほ、通常ボックス・素材庫・保管庫・プレゼントボックスの何れかです。
今回のケースでは保管庫とプレゼントボックスは除いて考えていいと思います。
ということは、通常ボックスと素材庫の何れかにあるものと考えます。
保管されている場所を考える前に、潜在結晶の特殊性を思い出してみます。

何が特殊かというと、一般的に素材庫に入ったカードやアイテムは、使う事が出来ても取り出すことができません。
ところが、潜在結晶だけは一定の手順で素材庫から通常ボックスに取り出すことができます。
画像一番上は、オプション→ゲームプレイ設定の、素材庫自動送りの設定スイッチです。
ほとんどの人はこれが「ＯＮ」になっていると思いますが、何らかの理由で画像のように「ＯＦＦ」になっていることがあります。
この状態で精霊にセットした潜在結晶を取り外すと、その結晶は素材庫ではなく、通常ボックスに保管されてしまいます。
↑重要！

そこで、捜索に戻りましょう。
最初に書いた通り、目的の潜在結晶が入っている場所は、通常ボックスと素材庫しかないと考えます。
そこで名前検索で絞り込んでみましょう。
その前に、フィルタは全て外れていますか？
画像左は通常ボックスです。
ここで、教示されている９個のフィルタは全部緑になっていますか？
その状態で「チョコ」で名前検索をかけると、名前に「チョコ」が含まれるカードが抽出されます。

同様に、画像右は素材庫ですが。こちらのフィルタは３色全部と「全て」が点灯していますか？
ここで名前検索をかけると、素材庫にある、名前に「チョコ」が含まれるカードが表示されます。

ただし、この方法では精霊に装着してある結晶は表示されません。
精霊に装着している結晶を探すには、デッキ構成画面の「潜在結晶編成」タブで見ることになります（画像省略）

少なくとも、この三つの方法で調べれば、（その結晶が存在するなら）どこかで見つかるはずです。
注意しなければいけないのは、
①通常ボックスにある潜在結晶は、デッキ構成の潜在結晶編成画面では見えない
②名前検索では、精霊に装着されている潜在結晶は見えない。
ということです。
ですから、手間がかかっても、結晶編成画面と２か所のボックスを調べてみてください。
ちなみに、デッキ構成の結晶編成画面でも名前検索は使えます。

と、ここまでやってみて、それでも分からなかった時は、あまり積極的にお勧めできませんが、ひとつ方法があります。
システムのお問い合わせ窓口充てに「○○結晶を取得したはずだが見つからない。売却したかもしれないので、調べてほしい。」と問い合わせてみるという方法があります。
時間がかかりますが、売却したかどうか、売却していないのなら、今どこにあるか（←重要！）を調べてくれると思います。
開発担当も多忙なので、仕事を増やさないためにも多用はしないでください。

以上、長文になりましたが、無事見つかることを願っております。

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読んでいてわからないのが「一旦アマネにつけてその後取り外そうとしたところ、boxに表示されていないことに気がつきました」
この【box】ってどこですか?
所持カード枠でしょうか、素材庫でしょうか、それともアマネの結晶スロットでしょうか。

所持カード枠なら、そこに無くて当然です。
アマネの結晶スロットなら、アマネにつけたというのが勘違い(載せた後、最後に決定ボタンを押さなかったのでついていない等)が疑われます。

素材庫に表示されていないのだとして、グレーアウトして数量がゼロになっているのか、アイコン自体が無いのか、どちらでしょう。
「boxに表示されていないことに気がつきました」というその「表示されていない状態」の画像は無いのでしょうか?
グレーアウトしているのであれば、潜在結晶自体か、潜在結晶を装備した精霊が保管庫にあることが考えられます。
アイコンが無い場合はフィルタがかかっていることが考えられます。
属性を絞っているとか、名前で絞っているとかです。
特に、所持カード枠で精霊を探そうとして名前で絞り込んだ直後等、素材庫タブを選択していても絞り込みはそのままなので、一致しない名前の潜在結晶は表示されません。
添付された画像が、あなたが問題発生と認識した後に撮られたものなのであれば、十中八九フィルタが理由だと思います。

「〈光のチョコレート〉も消えていることが分かりました(精霊には装備されてました)」をどう確認されたのか、精霊がどこにあるのか、もわかりませんが。

以上でお役に立ちますでしょうか。

精霊に装備させた結晶をまず外してみてはいかがでしょう

画像を貼る都合上、再度回答としてつけます。

端的に言うと、装備した潜在結晶は素材庫から移動していて素材庫の中には無いのだ、ということです。

左はデッキ編成→潜在結晶編成タブ、右は素材庫→素材庫タブです。
左の画像でグレーアウトしているのは惺眼、満点成績表、アドヴェリタスです。
右の画像ではこれらは表示されていません。
素材庫の中に入っていないから、でしょう。
なお、惺眼はデッキ編成画面でリーダーになっているエクセリアが装備しています。

つまり、あなたの状況で光のチョコレートが素材庫画面で表示されないのは単にそういう仕様であるからであり、光のチョコレートを素材庫の中で見たいのであればまず装備している精霊から外す、グレーアウトした光のチョコレートを見たいのであれば外さずにデッキ編成→潜在結晶編成タブで見られるはずです。
この違いは、素材庫画面は現に素材庫にあるものを表示する、潜在結晶編成画面は素材庫から出ているものや既に無いもの(一旦取得し売却や進化で完全に無くなったもの)もグレーアウトで表示する、という仕様の差です。

で、話を凛煌眼と闇のチョコレートに戻しますが、こうなるとあなたの文章をどう読んでも「アマネから取り外した結晶が行方不明になった」とは読めないので ^^;
「アマネにつけてその後取り外そうとしたが外さずに素材庫を見た」もしくは「自動振分けをオフにしてから外して所持カード枠に入れ、素材庫を見た
というだけなのでは?
なんか言いがかりみたいな答えになってしまって申し訳ないのですが、こうとしか回答できません。

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三度めになりますが。

「〈闇のチョコレート〉等のカードアイコンがそもそも表示されず、一旦外すとどこにも付けられない状態になる」とのことですが、これは実際に確認されたのでしょうか?
現時点で闇のチョコレートがどこにもつけられない状態になっているのでしょうか?
失礼ながら、一度も試していないのに勝手にそう思い込んでいらっしゃるだけのように思えるのですが。

闇のチョコレートは既に外されていて、現時点でどうやっても表示されないのであれば。
あなたの画像がご自分のアカウントで作られたものなのであれば、凛煌眼と闇のチョコレートがあることははっきりしています。
(もっとも、この証拠を示さずとも、運営にはあなたが闇のチョコレートを取得されたことはわかるはずですが)
これと、ここから闇のチョコレートを外して無くなった状態の画像を撮って、運営に示してみてはいかがでしょうか。

添付した画像は、左が正常動作、中がフィルタをかけてみた設定、右はその結果です。
あなたの言うとおりの状況は右のようになると思うのですが、こうなっているのでしょうか。
その場合、中のようにフィルタをかけているということは無い、ということですので、フィルタをかけていないことを示す画像も用意されるといいかもしれません。

それともう一点、あなたの画像では…暗くてよくわからないのですがアドヴェリタスと剣聖眼の間の結晶がグレーアウト表示されていますが、この結晶については問題が無く、凛煌眼と闇のチョコレートと光のチョコレートの3つだけが不都合なのだ、ということでよろしいのでしょうか?

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「一旦結晶化して素材庫に送ろうとしていました。」という事ですが、もしやまだ一度も素材庫に入れていないという事はありませんか？
仮に自動送りをオンにしていても、結晶化ではなく、進化で結晶になった物は自動的に素材庫には入りません。
進化で結晶化→強化画面から精霊にセット→デッキ編成画面で確認、の順だと一度も素材庫に入ってないのでグレーアウトもしません。
nohriさんの仰るように、まず、精霊から外してみてください。
自動送りになっていれば、その時点で素材庫に入ります。
自動送りがオフの場合は、メインのBoxに入っているはずなので、素材庫画面で、素材庫へ入れて下さい。
素材庫へ入れば、デッキ編成画面で着け外しできるようになります。