黒猫のウィズの回答詳細

基本的な操作は、なっちさんがお答えいただいているので、別の視点から。

一部結晶の付け方はお分かりのようだとすれば、想像できるのは付けようとしたとき特定の結晶が表示されないとか拒否されるということでお困りではないかと思います。

神羅万象の結晶など一部の結晶は、装着できる精霊が限られているものがあります。
ご質問にあった神羅万象の結晶はSSの連撃回数を増やすもので、連撃を持たない精霊には装着できません。

他にも、「○○大魔術の××を△△する」というような表記のある結晶は、○○大魔術 を持たない精霊には、そもそも付けられません。

また、一部の結晶は１体に１個しか装着できないものや、同種の潜在能力を持つ精霊には装着自体ができないものもあります。
一例では、覇眼結晶は２個同時には付けられませんし、覇眼戦線の精霊に代表される、覇眼潜在を持つ精霊には装着すらできません。

慣れるまでは面倒でも「強化合成」画面から操作されるといいでしょう。
強化合成のベース枠に装着させたい精霊を置いて、装着したい潜在結晶を表示すると、装着できない結晶はグレーアウトされています。
また、複数装着できない結晶は、素材枠に入れたとき、この結晶は装着できない旨の表示が出て、合成ができません。

ご質問が、上記のような状況であれば、装着制限がかかっている精霊に付けようとしたのではないかと思います。
長文失礼しました、