増えたカードの扱い

かぶったAカードやSカード→艦隊性能ないものや不要なカードは売る
魔道杯の報酬精霊→きついならプレボ放置
かぶったイベントや季節限定精霊→取っとく
レイドの報酬精霊→プレボ放置か進化させてまとめておく
素材→素材庫へ
配布で不要な精霊→結晶にしちゃう

BOX拡張、わがままいうと先を見据えて少なくとも2500くらいまで欲しいです

ガチャはまず、自動素材庫送り機能をオフにして、ボックスをメイトガチャなどで埋めてからまわします。そうすると全てプレゼントボックス（プレボ）にくるので、強化進化素材を素材庫に移動させて枠を開けて、使う精霊のみプレボから引き出しています。

余った通常のボスとかは、保管庫にいれています。

そろそろ保管庫整理が必要になってきました。整理整頓は苦手です。

参考です。
https://黒猫のウィズ.gamewith.jp/questions/show/141869

これまでも同種の質問が沢山あるので、まずはそちらを読まれたほうが良いかと思います。
それを前提にですが、私は売却はもったいないので、強化合成に使ってます。

マナ有りを合成するとマナが引き継げるって知ってました？
もちろん２００を超えることはできませんが、＋１０の精霊を１０体強化合成すると、マナ１００になります。
強化合成だとベース精霊が強化されて、その精霊を強化素材に回すと、経験値は大きくなります。
例えば、不要な精霊を１０体合成しておくと、マナ１００の強化素材になって枚数が一気に減ります。

と、ここまで書いておきながら、この方法にも問題点はあります。
まず最初に合成にかかる費用です。
質問主さんのレベルが解りませんが、ゴールドが億を超えているのなら大丈夫とは思うのですが、合体精霊を作るのと併せて、本番合成の費用も大きくなりますのでご注意ください。

残す方が良い精霊の判断については、他の方の回答や過去の質問でご確認ください。
今は注目されていなくても、新しい着眼やさらなる進化などで有用になる可能性もあります。
その辺は自己責任でお願いします。

これまであまり触れられていない部分を書いてみましたが、私が書くより過去の質問の蓄積のほうが参考になると思いますので、ぜひ掘り下げてみてください。
長文失礼しました。

Aスタートの精霊ーとか
クリスタルガチャのダブりーとか
その辺の質問に書いてある回答の対応が多いですね。