イベント精霊の複数運用の見分け方

１　覚醒の種類
ちょっと前なら、種族効果の大きいものは複数作成したりしていました。
終焉やプチニーミ、ブラフモなどでしょうか。

２　SSの種類
複数運用できるかどうかは、SSがひとつの判断基準になると思います。
例えば、攻撃や見破りであれば、デッキに複数いても問題ないと思います。
スキルチャージなどは、SSが死んでしまうので、基本的に複数積みの意味がありません。

３　種族
また、種族がレアなもの、自分があまりもっていない種族のもの、これは種族縛りのサブクエストなどに利用できます。
すぐに例がでてこないのもありますが、亜人や天使、物質（マター）、妖精（ファラフォリア）などが該当すると思います。

４　カード所持枠
私自身は手持ち、保管庫とも９００まで拡張してあるので、今のところ困っていません。これは参考になりませんね（笑）

自分が必要かなって思った数＋１作るようにしてます
例：レイドバシレイデは50%消費２回打って総合ミクss2とかありだな〜→3体作成
例２：レイドテネブルは2体で2000upだな〜→3体作成

...バシレイデは結局１体しか使ってませんが，
テネブルは３体そのまんま肆式デッキに入ってますw（むしろもっと作ればよかったとも思っている）

わからないしみんなの意見を聞きたいっていうのは決して失礼ではないと思うので
その都度聞いて少しずつ学んでいくっていうのもいいんじゃないでしょうか？
復刻って意外ににあまり来ませんし，後悔は大きくなっちゃいそうなんで

回り切れず後悔は多いです…なので私はできる時はとりあえずで作ってしまいます。2体あると安心で3体目からは要検討ですね。

目新しかったりまだ持っていないSSやASは欲しいですし、種族の仲間の数で増えるASや潜在能力で種族upが多い場合、特に手持ちの少ない種族はやはり欲しいと思います。
強い手持ちの少ない種族は複数作っておくと無難だと思います。無駄になることもありますが種族縛りで必要になる場合があるので最終のレベル上げずに取り置きでも生贄枠に使えます。
種族毎に回復がいることとダメブロ越えできる火力は勿論、鉄壁越えもできると理想的ですよね。

基準は手持ちによるので人それぞれでしょうが私の場合、ASでは種族特攻や連撃、初速があるものなど。SSでは主に攻撃系（特に特攻系連撃系）。1回のクエストで複数欲しいSS。
それとレジェンド化では早いこと、攻撃力upが高いこと。
逆に複数要らないのは攻撃力が低い、手持ちの精霊と種族が同じ下位のAS・SS被り、ASによりますが1回のクエストで複数いらないSS（味方全体の攻撃力up、ダメブロ解除）。

所持枚数が気になるならプレボに入る報酬は予備で手を付けずドロップで作るという手があります。スザクなどは初回5/10/15回コンプで作れますし、最近ハードモードがあるため初回5/10/15回×2で作れます。まあたまに報酬が進化枚数に足りないときもありますが。

複数運用のポイントとして自分が考えるのは、
・艦隊性能
・レアなSS
・ピンポイントで輝くか
この3点を考えて作成数を決めます。例を挙げてみると、
艦隊性能＝しょこたんの時のハムスター、ミカエラの時のテネブルの様に、種族恩恵が大きいものでしょうか。
レアSS＝今ではそうでもないですが、終焉さんが出たばかりの時はインパクトありましたね。とはいえ、終焉さんはASも強いのですが。
ピンポイント＝種族特攻が多い気がします。魔道書に対してのヒミカ、ロア、アイくんみたいな。

自分はカード枠900の保管庫700ですが、まだまだ余裕があります。
とりあえず複数体作って保管庫に入れておく感じです。
取らずに後悔するより、取って邪魔になったら餌にしよう位に考えて集めてます。

何かの基準で保存してあるのですか？
明確な複数確保したい定義！となると、難しいですが
ある程度の基準は長くやっていると染み付いてきます
あーあれ、もう1体作っとけば良かった･･･と多くの人が経験してると思います
とりあえずは、手持ちでまかなえないものは複数確保しておきたいところです
ガチャ産並、または上回る性能。ウラガーン、レイドテネブルなど
ピンポイントで輝く性能。マクロスのアイ君、ロア、ギルペインなど
手持ちで連撃や初速早いSS魔術、特攻魔術などいなければ複数作るなど
レアな性能、オンリーワン的な性能。今回のヘクド、マクロスの報酬など
性能そこそこなレアな種族、天使、魔族、神族、物質、妖精、龍族など

とりあえず複数体作ってあるのですか？
これに関しては、モノによって、それに人それぞれで
毒や状態異常回復など1体でいいのか、念のため2体にするかなど
手持ちとプレイ時間と枠などによって人それぞれなのかなと思います

そのような場合、カード所持枚数がいっぱいになりませんか？
ぼくはBOXと保管庫がそれぞれ900ですのでまだ余裕がたくさんあります
質問者さんの枠がどれほどかは分かりませんが
手持ちとプレイ時間と枠がポイントかなと思います