被ったカードって？

私は捨てられないタイプですので溜めていましたが（並べて楽しんでいました　笑）、いまは整理しながら同種重ねで3~5枚程度にまとめて、それ以上になったら強化素材・マナとして使っています。

少し前まで↓こんな感じでしたが、保管庫がいっぱいなので整理し始めました。
（ラエドは多分プレボにまだ10体以上いると思います・・バルトランやアシリレラも同じくらいいます）

大抵の方は、質問者様と同じく、不要な分はプレボから出さず小出しにして育てるといった感じではないでしょうか。有効利用のため、2体（まれに3体・4体）運用ができるものは、その枚数、それ以外はL化で強くなりそうなもの以外は覚醒で同種重ねやマナで消費していると思います。（特にマナ付きの売却はもったいないので）整理が面倒な方は何十体でもプレボ放置かも知れませんが・・。

今後プレボソートも実装されるみたいですが、デッキ搭載数が増えない限りMAX5体（ほぼ出動場面なし）なので、身軽にするため同種重ね・マナ利用が無難かもですね。

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基本的にプレボにいれたままです。ボックス、保管庫共に最大まで拡張していますが素材等や魔道書で意外にスペース取りますので

とりあえず５枚までは艦隊になる可能性もあるので使ってマナにするよりはプレボに残していて良いかと思います。
最近だとサイラスはL化で化けた例もありますし（覚醒が妖精特化で優秀です）

私は基本的にプレボに放置で必要なときにマナとして使っています。

それでも流石に６枚目のアリエッタはプレボに眠っていてマナとして使う気にはなれませんが(笑)

私はガチャ産で4枚確保しているのは旧アリエッタのみで、他はアタッカーなら多くて3枚、他は2枚までで、それ以上はプレボに入ったままか、マナになってます。

さすがに、5枚以上持っているカードはないのですが、ヒカリスフィアが3枚あり、2枚は未進化で保管庫行きです。
何のカードかわかりませんが、このサイトの評価や自分自身が使いやすければ、複数運用もありかと。