ダブったカード

スオウについては、合成はもったいないと思います。
両方育てるのが大変であれば、まずは1枚育てて、あとは取っておき、余裕のあるときや必要になったときに育てるといいでしょう。

セティエ、フレイについては、それぞれ別の3ターン遅延がいるのであれば、まとめてもいいと思います。
なければとりあえず2枚運用もありでしょう。

リースについては、回復＆変換は非常に便利ではありますが、変換2枚を使う場面があまりありませんので、2枚育てる必要はないように思います。

種族についてですが、最近は種族の強化をする覚醒が増えており、また、種族しばりサブクエもあります。
攻略できているのであれば無理に種族を揃える必要はありませんが、種族を揃えて攻撃しないと攻略が厳しいクエストも出てきているので（アユタラです）、種族を意識する必要性は強くなると思います。

ダブりカードについては人によって意見が割れるところですが、2枚以上デッキに入れて使うのは十分ありです。
安易に合成せず、現在使わないとしても取っておいたほうがいいでしょう。

種族に関してですが質問の内容を見た感じだと、まだ考えるのは早いかと思います。
覚醒で、戦士攻撃力アップなどといった、種族のステータスを上げる覚醒が付いている精霊を並べる事で能力を高められるのが種族デッキの利点なので、最終進化してフル覚醒した精霊を並べられる位になるまでは無視していいでしょう。

ゲームを進めるとサブクエストに戦士のみのデッキでクリア、といった種族縛りのクエストが増えてくるのでサブクエ攻略を意識するなら色々な精霊を育てていく必要が出てきます。

合成しないことをオススメします。
他の手持ちにもよりますが、どれも2枚運用可能です。

デッキの組み方ですが手持ちが増えてきたなら、種族を意識しましょう。
前述のスオウなど2枚組むことで、お互いの神族upが生きてきます。