一連の流れ

時系列順にいきます。個人の解釈あり。

・ワールドエンド（making of world endより）
白の王国に侵攻する兵器として四魔幻獣を各地で製造するよう命令。しかし大自然のソウルを蓄積し活動源とするという性質上、最終戦までには実用レベルに達しなかった。
・ゼロクロニクル
闇の王、光の王アイリスの協力によりバールを焦熱の監獄タルタロスに封じる。
闇の王軍が白の王国に侵攻。
闇の王がシーマに闇を混ぜる。
白の敗北が決定的になりアイリスは大崩壊を行い白と黒の時代が終わる。闇の王・闇の王子・アイリス・グローザ他は眠りにつく。ファイオスは「0」と呼ばれる空間に飛ばされ「混合と分離」の力を得て、気が狂いエピタフとなる。
・センテリュオ
大崩壊で生き残ったシーマは混ぜられた闇により魔物化して死ぬ。それを見てテオはアイリスに憎しみを抱き復讐のための国造りを始める。
・アストラ島
カイルを介し闇の王子とアイリスが記憶を失い再会。行動を共にして遺跡に向かい、そこでドラゴンに遭遇、これを退けるもカイルが闇に囚われ脱落。（闇の王がカイルに憑依）カイルの意志を継ぎ飛行島での冒険を開始。
・アオイの島
島民と共に闇の軍勢からアオイの国を守る。中枢にいた闇の王（カイルの体）の干渉により主人公が暴走しかけるがアイリスが阻止。なおも攻撃を続けようとするが器の反抗に遭い闇の王は撤退。
・ワールドエンド
ロイドの謀略により四魔幻獣を次々と破壊、その力は全てロイドのもとに。虚無のソウルを作りだし世界を滅ぼそうとするが未来から来たエレノアの登場によりロイドは計画を変更。最終的に光の力を全て持ったエレノアをも吸収し虚無の王となるが崩壊、多くの仲間と共に撃破。残った四魔幻獣のソウルは闇に力を与えかねないので未来アイリスによって未来に持ち去られる。
・タルタロス
当初バールを解放し味方につけることが目的だったが、アイリスが闇の軍勢に捕らえられ救出のためタルタロスへ。トラップにより闇の王子が大量の闇を吸収し倒れるが、暴走しながらもアイリスの助けに向かう。ヴァルアスと交戦中、アイリスの歌により闇の王子は闇を克服。アイリスも光の王として覚醒、闇の王に痛烈な一撃を与えると闇の王に吸収されたはずのバールが飛び出し破壊のルーンを持ち去る。ヴァルアスが王子アイリス相手に時間を稼ぎ王は逃げる。
・センテリュオ
テオによる復讐、ルーンナイト2名と共に撃破。（略）
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・ワールドエンド終末の未来（別世界線）
闇の王との決戦。闇の王子が虚無の力により闇の王を撃破するがロイドの謀略により王のソウルをとりこみ暴走。アイリスはこれを止めるため全力をもって王子を倒すがその瞬間虚無のソウルが溢れ出て世界の命は次々と失われていく。幾月日が経った後アイリスはエレノアと出会い、ロイドの陰謀を知り、エレノアに光の王と過去の改変を託して始祖の欠片となる。
幾月日が流れ世界からは全てのソウルが失われる。
そこに過去からアイリスが帰還。過去から持ってきた魔幻獣の闇とアイリスが持っていた光により世界は再生する。

ワールドエンドについて。カオスエンブリオで魔幻獣の力を取り込んだロイドをまるで闇の王のだと形容したことから、大崩壊後初めて闇の王と対面した6章以降。現在アイリスが未来アイリスの助けがなければ力を使えなかったことから8章以前と考えました。（8〜11までは切れない）しかしワールドエンドはあくまでもスピンオフ、劇場版のようなもので、少なからず矛盾が生じてくるのでメインと絡めて考えない方がいいです。例えばアイリスはワールドエンド終盤にはエレノアと共に力を使いこなし、光の王であったことも知ったはずですが時系列的におかしいです、後で忘れたんでしょうか。また、未来の世界で闇の王を倒しましたが、あれはまだ白猫のラストが決まっていない中、仮に作ったラストなので本編のラスボスが闇の王とは限りません、これに関してはパラレルワールドということで。魔幻獣もぶっちゃけ後付けです。
結論ワールドエンドはないものとして考える。魔幻獣のソウルも未来に飛ばされたので、完全になかったことにして今後ストーリーを進行できるようになってます。ただしセンテリュオに見られるようにイベントで登場した設定を今後本編に輸入するという可能性はあると思います。虚無のソウルとか闇の王も光の王（力半分）も倒した実績がありますからね、うまく使えばチート武器、逆に相手が使ってくる可能性もあります。光と闇の共存を目指すような物語の雰囲気の中、そのどちらをも消し去るなんてラスボスに相応しい能力だったと思います。

ワールドエンドに限らず主人公達が参加する全てのイベントのあえての時系列は8章以前だと思われます。逆に8〜11章以降のイベントがあるならお前ら本気出せってなる。