黒猫のウィズの回答詳細

確かに属性限定スキル持ちのほうが圧倒的に多いですが、複数色デッキには幾つも強みがあります。
複数色デッキを組む利点をいくつかあげますね。

1.臨機応変な対応が可能
クエストの内容に応じて単色デッキを使い分けることがほとんどだと思いますが、その場合、クエスト中にこちらに対する弱点属性を持つ強力なモンスターとの戦闘に不安がつきまといます。
ですが複数色の場合、ほぼ全ての属性に対して適切な対応ができるので、「単色でいけると思ったら弱点属性のやつにやられた」なんていう事態がなくなりますね。

2.ASの火力が高い
個人的に一番の強みはこれかな、と思います。複数色パネルやデッキ内属性数に依存するASが近頃多くなってきています。この系列のスキルは攻撃力の上昇量が凄まじく、特に後者のデッキ内属性数依存型は2色の時点で240%、3色ともなれば310%というアホみたいな倍率になります。ミカエラやテオドールなどの3チェイン攻撃力アップが230%ですから、これがどれだけデタラメな数字かは見ての通り。手持ちさえ揃っていれば化け物のような火力を叩き出せるのが多色の強みです。

3.パネル事故削減
hajimeさんの仰る通り、多色になればパネル事故は圧倒的に減ります。全色使うデッキならどんなパネルが飛んできても対応できますからね。

単色に影響するスキルが多く、多色関係のスキルを持つ精霊こそ少ない現状ですが、それを補って余りある長所を持つからこそ多色を使うプレイヤーも少なくない、という印象です。
多色で挑んだほうがいいというクエストはやはり敵の属性が大きく分散し、かつ強敵が多いというものでしょう。そうでなくても、火力などから様々なクエストで多色デッキを使うプレイヤーもいます。トーナメントでは、初段前後まではかなり多色が活躍します。4段前後以上は単色で挑む方が多いようですが、そこは自分の手持ちと相談ですね。